Je souhaite utiliser la fonction DetermineGermlineContigPloidy de GATK4. Dans la doc il est précisé que
The computation done by this tool, aside from input data parsing and validation, is performed outside of the Java Virtual Machine and using the gCNV computational python module, namely gcnvkernel. It is crucial that the user has properly set up a python conda environment with gcnvkernel and its dependencies installed. If the user intends to run DetermineGermlineContigPloidy using one of the official GATK Docker images, the python environment is already set up. Otherwise, the environment must be created and activated as described in the main GATK README.md file.
Et en effet, lorsque je fait un simple module load gatk4, puis je lance ma commande, j'ai l'erreur suivante:
ModuleNotFoundError: No module named 'gcnvkernel'
J'ai donc créé un environnement conda, dans lequel j'ai installé gatk4 et gcnvkernel. Puis j'ai lancé ma commande sur la frontale.
Et là je n'ai plus d'erreur à l'étape python -c import gcnvkernel
En revanche, lorsque j'intègre ma commande à un pipeline et lance le tout en sbatch sur le cluster j'ai de nouveau l'erreur :
Merci pour la mise à jour.
Malheureusement, j'ai exactement le même problème avec un module load gatk4 ( avec la dernière version 4.2.6.1).
Je pense pas que ce soit un problème de version puisque je n'ai pas le problème quand j'installe dans un environnement conda gatk4 + gcnvkernel et que je lance sur la frontale.
Mais que j'ai le problème quand j'active l'environnement conda et lance dans un sbatch.
Bon enfait c'est toujours pas bon.
Mon installation personnelle de gatk4 + gcnvkernel dans un conda env provoque une autre erreur plus loin (toujours liée à une dépendance python de gatk).
Dans la mise à jour que vous avez faite de gatk4, il n'y a toujours pas gcnvkernel.
Après :
. /shared/software/miniconda/bin/activate gatk4-4.2.6.1
conda list
Après est-ce que c'est vraiment nécessaire de passer par une image Singularity ?
Dans la doc transmise plus haut, il suffit juste de créer en env conda en donnant un .yml pour correctement installer les dépendances python.
Je suis désolé, j'étais sur une conférence la semaine dernière et je n'ai pas pu rattraper mon retard.
Je tache de m'y remettre au plus vite.
(Sauf si quelqu'un veut prendre le relais ?)