Bonjour,
Suite aux indications données par [gildaslecorguille], j'ai pu faire fonctionner Guppy en mode GPU.
Notez qu'il faut charger le module singularity avant (module load singularity) (le module guppy/6.1.1-gpu doit avoir un soucis).
C'est incroyablement plus rapide que le CPU (quelques secondes au lieu de plusieurs minutes) !
Cependant, j'ai pu faire fonctionner seulement les profils 3g.20gb et 7g.40gb.
Avec 1g.5gb, j'ai l'erreur suivante :
[guppy/error] basecall_core::CUDACaller::thread_main: Exception in CUDACaller worker thread: Could not allocate CUDA shared buffer, size 6404734208
terminate called after throwing an instance of 'std::runtime_error'
what(): Could not allocate CUDA shared buffer, size 6404734208
[37443:37443:20230124,101656.265623:ERROR process_memory_range.cc:86] read out of range
[37443:37443:20230124,101656.265692:ERROR elf_image_reader.cc:602] missing nul-terminator
[37443:37443:20230124,101656.268441:ERROR file_io_posix.cc:144] open /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_cur_freq: No such file or directory (2)
[37443:37443:20230124,101656.268471:ERROR file_io_posix.cc:144] open /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_max_freq: No such file or directory (2)
/shared/ifbstor1/software/singularity/wrappers/guppy/6.1.1-gpu/guppy_basecaller: line 2: 37400 Aborted singularity exec --nv /shared/ifbstor1/software/singularity/images/guppy-6.1.1-gpu.sif guppy_basecaller $@
#! /bin/bash
#SBATCH -p gpu
#SBATCH --gres=gpu:3g.20gb:1
#SBATCH --cpus-per-task=1
module load singularity
module load guppy/6.1.1-gpu
guppy_basecaller -i /shared/ifbstor1/home/dfilloux/work/fast5 -s output -c ./dna_r9.4.1_450bps_sup.cfg --device "cuda:$CUDA_VISIBLE_DEVICES"