Homer sur usegalaxy.fr

J'aimerais retrouver Homer sur galaxyuse.fr.
Anne Le Mouël

Bonjour Anne,

Désolé pour ce retour tardif. Nous avons manqué quelques messages.

@team.galaxy une idée pour installer Homer sur usegalaxy.fr ? La version dans le Galaxy Tool Shed me semble dater un peu (2012).

En effet !
Il semble que MEME pourrait faire quelque chose de similaire et est installable sous Galaxy

ping @team.chipseq @jvanhelden

Il existe également une suite logicielle appelée Regulatory Sequence Analysis Tools, qui propose les mêmes fonctionnalités mais en mieux (en toute objectivité).

Elle avait été interfacée à Galaxy il y a quelques années en passant par l'API (SOAP/WSDL) mais je ne suis pas sûr que ce soit toujours fonctionnel.

Depuis lors RSAT a été porté sur conda .

Je suis complètement incapable d'y consacrer du temps dans un futur prévisible, mais ça pourrait motiver l'équipe de développement RSAT de porter certains outils sur Galaxy.

Pour préciser mon message précédent, MEME donne de bons résultats en découverte de motifs sur des pics de CHIP-seq. RSAT donne des résultats un peu meilleurs, mais du même ordre. HOMER donne de très mauvais résultats (vraiment).

La description de peak-motifs: RSAT peak-motifs: motif analysis in full-size ChIP-seq datasets - PubMed
Un protocole détaillé pour les usagers : A complete workflow for the analysis of full-size ChIP-seq (and similar) data sets using peak-motifs - PubMed

Bonjour,

Juste une précision, Homer est une suite d'outils qui permets d'autres type d'analyses pas que la découverte de motif.

Es-ce que la motivation de la demande d'installation est bien de faire une analyse de découverte de motif @Anne_LE_MOUEL ?

Si ce n'est pas le cas pouvez-vous svp préciser quel type d'analyse vous souhaiter réaliser pour que la communauté puisse vous aider.

Bonne journée,