# Impossibilité de lancer JupyterLab **URL:** \ **Category:** IFB Core Cluster\ **Created:** [Mai 10, 2023, 5:23 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040 "2023-05-10T05:23:40Z")\ **Posts on this page:** 14\ **Page:** 1
**Author:** ![pierrepo](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/pierrepo/32/765_2.png) [@pierrepo](https://community.france-bioinformatique.fr/u/pierrepo)\ **Post date:** [Mai 10, 2023, 5:23 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/1 "2023-05-10T05:23:40Z")
Bonjour, Depuis hier, je ne parviens plus à lancer JupyterLab. J'ai fait plusieurs tentatives en vain. Je demande pourtant des ressources raisonnables sur un _account_ valable : ![image](https://community.france-bioinformatique.fr/uploads/default/original/1X/c80c07079d73041ead059dd1b31b5239b66c76f7.png) Mais au bout de quelque temps, j'obtiens le message suivant : ![image](https://community.france-bioinformatique.fr/uploads/default/original/1X/6ac7c63d6441368b4be32953d5335ac092722422.png) J'avais lu dans un précédent fil de discussion que supprimer `~/.local/share/jupyter/` pouvait aider. C'est ce que j'ai fait, sans résultat probant. ---
**Author:** ![pierrepo](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/pierrepo/32/765_2.png) [@pierrepo](https://community.france-bioinformatique.fr/u/pierrepo)\ **Post date:** [Mai 10, 2023, 5:38 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/2 "2023-05-10T05:38:59Z")
Curieusement cela semble remarcher. Par exemple avec le job `33338546` sur le noeud `cpu-node-17`. Pourriez-vous à tout hasard vérifier l'état de santé du noeud `cpu-node-31` ? D'avance merci. Pierre ---
**Author:** ![phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/phingamp/32/424_2.png) [@phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/u/phingamp)\ **Post date:** [Mai 10, 2023, 9:56 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/3 "2023-05-10T09:56:57Z")
Bonjour, Je rencontre le même problème de connexion impossible à JupyterLab, avec un message d'erreur un peu différent :"Spawn failed : Timeout". J'ai également fait le test sur des projets distincts, sur la partition fast et long, avec des ressources minimales ou plus importantes, j'ai aussi déplacé le dossier `~/.local/share/jupyter/` sans succès. Les jobs correspondants sont tous en statut "FAILED", mais sur des nodes distincts (cpu-node-67, cpu-node-31, cpu-node-35, cpu-node-17). Merci de vos lumières 🙂 Pascal ---
**Author:** ![pierrepo](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/pierrepo/32/765_2.png) [@pierrepo](https://community.france-bioinformatique.fr/u/pierrepo)\ **Post date:** [Mai 10, 2023, 5:22 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/4 "2023-05-10T17:22:25Z")
[@team.ifbcorecluster](https://community.france-bioinformatique.fr/groups/team.ifbcorecluster) une idée du souci ? Est-ce lié à certains noeuds en particulier ? ---
**Author:** ![julien](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/julien/32/1433_2.png) [@julien](https://community.france-bioinformatique.fr/u/julien)\ **Post date:** [Mai 11, 2023, 7:52 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/5 "2023-05-11T07:52:57Z")
Bonjour, Je pense que c'est lié à une charge importante ponctuelle sur le cluster. JupyterHub patiente 120 secondes jusqu'à ce que le job qu'il a soumis au cluster démarre. Si le cluster est très chargé et n'a pas suffisamment de ressources disponibles pour démarrer le job alors l'erreur que vous rencontrez va se produire. Nous allons prochainement renforcer les ressources du cluster (+4000 cœurs et +32To de RAM) et nous allons également tenter de réserver des ressources pour les usages interactifs comme JupyterLab. Julien ---
**Author:** ![phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/phingamp/32/424_2.png) [@phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/u/phingamp)\ **Post date:** [Mai 11, 2023, 9:48 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/6 "2023-05-11T09:48:07Z")
Bonjour et merci pour la réponse rapide ! Ce qui me chiffonne est que dans mes tests, dès que je tente de démarrer une session JLab, un job est quasi immédiatement en statut Running via sacct, puis en 4-6 secondes passe en Failed. Est-ce que ça suggère qu'il y a dans ces cas là des slots dispo (à l'instant par ex j'ai demandé 1 cpu et 1Go), que le job est lancé mais pour une raison inconnue le job crash très vite ? Aussi serait-il possible de réduire le temps de 120 secondes dans l'interface web JLab avant d'avoir le message d'erreur, idéalement pas beaucoup plus longtemps que le job qui fail dans les secondes qui suivent la soumission (théoriquement faisable j'imagine, mais bien sûr à voir si c'est implémentable en pratique). ---
**Author:** ![julien](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/julien/32/1433_2.png) [@julien](https://community.france-bioinformatique.fr/u/julien)\ **Post date:** [Mai 11, 2023, 12:38 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/7 "2023-05-11T12:38:24Z")
Bonjour Pascal, Si le job associé à la session JupyterLab plante alors il s'agit d'un autre problème... Je constate effectivement que pour vous le job démarre puis crash après quelques secondes. J'en déduis que le process JupyterLab lancé par JupyterHub plante quelques secondes après avoir démarré... Est-ce que vous faites un usage particulier de JupyterLab (utilisation de kernel perso, autres paramétrages) ? En attendant, je vais essayer de tracer l'erreur, je reviens vers vous dès que j'ai trouvé quelques choses. Julien ---
**Author:** ![julien](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/julien/32/1433_2.png) [@julien](https://community.france-bioinformatique.fr/u/julien)\ **Post date:** [Mai 11, 2023, 12:46 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/8 "2023-05-11T12:46:15Z")
J'ai trouvé. Vous avez atteint de le quota d'inodes (100000) sur votre home directory. SLURM ne parvient pas a créer son fichier de sortie en démarrant la session JupyterLab et le job crash immédiatement. Il va falloir réduire le nombre de fichier dans votre home pour que SLURM puisse à nouveau fonctionner correctement. Pour consulter le quota de votre homedir : ```auto lfs quota -h -p 160909 /shared/home/phingamp ``` Julien ---
**Author:** ![phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/phingamp/32/424_2.png) [@phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/u/phingamp)\ **Post date:** [Mai 11, 2023, 3:30 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/9 "2023-05-11T15:30:04Z")
Merci Julien ! Je confirme que le problème s'est résolu dès lors que mon home est repassé sous le quota en terme de nombre de fichiers. Comme j'ai eu du mal à comprendre comment diable je pouvais avoir "138202" fichiers dans mon home dans lequel je ne stocke pourtant pas grand chose (700Mo dans 2176 fichiers perso), au cas où ça arrive à d'autres, voici où j'ai fini par mettre la main sur plus de 130000 fichiers planqués installés à mon insu par je ne sais quelle manip j'ai dû faire par le passé (30000 à 50000 fichiers par répertoire): ```auto .local/share/jupyter .julia .cache/yarn/ ``` Donc réglé par un triple rm -rf qui a pris des plombes 😂 ---
**Author:** ![phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/phingamp/32/424_2.png) [@phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/u/phingamp)\ **Post date:** [Mai 11, 2023, 3:32 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/10 "2023-05-11T15:32:05Z")
> [@julien](#): > > Nous allons prochainement renforcer les ressources du cluster (+4000 cœurs et +32To de RAM) J'oubliais de dire que c'est une super nouvelle 🙏 C'est prévu à quelle échéance ? ---
**Author:** ![julien](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/julien/32/1433_2.png) [@julien](https://community.france-bioinformatique.fr/u/julien)\ **Post date:** [Mai 11, 2023, 3:44 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/11 "2023-05-11T15:44:37Z")
> [@phingamp](#): > > C'est prévu à quelle échéance ? Fin juin, début juillet ! ---
**Author:** ![pierrepo](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/pierrepo/32/765_2.png) [@pierrepo](https://community.france-bioinformatique.fr/u/pierrepo)\ **Post date:** [Mai 12, 2023, 6:42 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/12 "2023-05-12T06:42:48Z")
> [@julien](#): > > JupyterHub patiente 120 secondes jusqu'à ce que le job qu'il a soumis au cluster démarre. Si le cluster est très chargé et n'a pas suffisamment de ressources disponibles pour démarrer le job alors l'erreur que vous rencontrez va se produire. D'accord, merci pour ta réponse. Mais comment dans ce cas expliquer le fait que le message d'erreur mentionne un noeud en particulier (dans la copie d'écran cpu-node-31) si le job jupyterlab n'a pas eu le temps partir ? > [@julien](#): > > Nous allons prochainement renforcer les ressources du cluster (+4000 cœurs et +32To de RAM) et nous allons également tenter de réserver des ressources pour les usages interactifs comme JupyterLab. 🎉 🙏 ---
**Author:** ![phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/phingamp/32/424_2.png) [@phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/u/phingamp)\ **Post date:** [Mai 15, 2023, 11:46 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/13 "2023-05-15T11:46:57Z")
@julien un des usagers du projet est victime du même symptôme (impossibilité de démarrer une session JupyterLab, cf capture d'écran ci-dessous), mais dans son cas n'a pas dépassé ses quotas: ```auto lfs quota -h -p `id -u $USER` /shared/ifbstor1 Disk quotas for prj 164262 (pid 164262): Filesystem used quota limit grace files quota limit grace /shared/ifbstor1 937.7M 100G 150G - 55446 100000 150000 - ``` Ses tentatives de lancements se traduisent visiblement systématiquement par un statut "CANCELLED" au bout de 5 minutes : ```auto $ sacct --format=JobID%20,JobName%18,Partition,ReqCPUS,ReqMem,Timelimit,State,ExitCode,Start,elapsed,CPUTime,MaxRSS -S 2023-05-01 JobID JobName Partition ReqCPUS ReqMem Timelimit State ExitCode Start Elapsed CPUTime MaxRSS -------------------- ------------------ ---------- -------- ---------- ---------- ---------- -------- ------------------- ---------- ---------- ---------- 33194151 jupyter fast 1 1Gn 12:00:00 TIMEOUT 0:0 2023-05-03T08:41:57 12:00:06 12:00:06 33194151.batch batch 1 1Gn CANCELLED 0:15 2023-05-03T08:41:57 12:00:08 12:00:08 7844K 33194151.0 batchspawner-sing+ 1 1Gn COMPLETED 0:0 2023-05-03T08:41:58 12:00:13 12:00:13 372416K 33313581 jupyter fast 1 1Gn 12:00:00 CANCELLED+ 0:0 2023-05-09T07:47:16 00:04:59 00:04:59 33313581.batch batch 1 1Gn CANCELLED 0:15 2023-05-09T07:47:16 00:05:00 00:05:00 7848K 33313581.0 batchspawner-sing+ 1 1Gn COMPLETED 0:0 2023-05-09T07:47:17 00:05:01 00:05:01 102580K 33313602 jupyter fast 1 1Gn 12:00:00 CANCELLED+ 0:0 2023-05-09T07:53:48 00:05:00 00:05:00 33313602.batch batch 1 1Gn CANCELLED 0:15 2023-05-09T07:53:48 00:05:01 00:05:01 7848K 33313602.0 batchspawner-sing+ 1 1Gn COMPLETED 0:0 2023-05-09T07:53:49 00:05:02 00:05:02 101184K 33313957 jupyter fast 1 1Gn 12:00:00 CANCELLED+ 0:0 2023-05-09T08:01:57 00:04:59 00:04:59 33313957.batch batch 1 1Gn CANCELLED 0:15 2023-05-09T08:01:57 00:05:00 00:05:00 7848K 33313957.0 batchspawner-sing+ 1 1Gn COMPLETED 0:0 2023-05-09T08:01:59 00:05:00 00:05:00 103828K 33316150 jupyter fast 1 1Gn 12:00:00 CANCELLED+ 0:0 2023-05-09T08:11:08 00:05:00 00:05:00 33316150.batch batch 1 1Gn CANCELLED 0:15 2023-05-09T08:11:08 00:05:01 00:05:01 7848K 33316150.0 batchspawner-sing+ 1 1Gn COMPLETED 0:0 2023-05-09T08:11:09 00:05:02 00:05:02 101696K 33318031 jupyter fast 1 1Gn 12:00:00 CANCELLED+ 0:0 2023-05-09T08:19:06 00:05:00 00:05:00 33318031.batch batch 1 1Gn CANCELLED 0:15 2023-05-09T08:19:06 00:05:02 00:05:02 7844K 33318031.0 batchspawner-sing+ 1 1Gn COMPLETED 0:0 2023-05-09T08:19:07 00:05:03 00:05:03 103940K 33318380 jupyter fast 1 1Gn 12:00:00 CANCELLED+ 0:0 2023-05-09T08:26:48 00:04:59 00:04:59 33318380.batch batch 1 1Gn CANCELLED 0:15 2023-05-09T08:26:48 00:05:00 00:05:00 7848K 33318380.0 batchspawner-sing+ 1 1Gn COMPLETED 0:0 2023-05-09T08:26:50 00:05:00 00:05:00 101284K 33318445 jupyter fast 1 1Gn 12:00:00 CANCELLED+ 0:0 2023-05-09T08:33:40 00:04:59 00:04:59 33318445.batch batch 1 1Gn CANCELLED 0:15 2023-05-09T08:33:40 00:05:00 00:05:00 7848K 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**Author:** ![phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/phingamp/32/424_2.png) [@phingamp](https://community.france-bioinformatique.fr/u/phingamp)\ **Post date:** [Mai 18, 2023, 8:10 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/impossibilite-de-lancer-jupyterlab/3040/14 "2023-05-18T08:10:05Z")
Pour info, @julien a résolu ce dernier problème en écartant deux répertoires cachés dans le "home" de l'utilisateur qui interféraient avec JupyterLab: `.local` `.ipython` (renommés ou supprimés selon votre degré de confiance que vous n'en aurez plus besoin).