Hier, Squeezemeta a été installé sur le cluster. Cependant ce logiciel nécessite une banque de données dédiée téléchargeable via une ligne de commande dans le programme. Je pensais pouvoir l'installer en local pour ne pas vous déranger inutilement mais malheureusement ça ne fonctionne pas.
J'ai absolument besoin de faire tourner ce programme pour générer les derniers résultats pour mon stage.
Pourriez vous l'installer sur la base de données commune ?
Voici la procédure :
download_databases.pl path/to/db (génère deux dossiers : db et test)
test_install.pl (génère un rapport dans la sortie standard)
Si le test_install.pl ne trouve pas de base de données = message d'erreur à la toute fin du rapport :
WARNING: Some SqueezeMeta dependencies could not be found in your environment! Databases were not installed, or are not configured in this installation of SqueezeMeta
alors utiliser le script :
configure_nodb.pl path/to/db (nécessite des droits administrateurs car modifie un fichier du logiciel)
test_install.pl
Normalement test_install.pl ne devrait plus renvoyer de message d'erreur et Squeezemeta est prêt à être utilisé.
Si tout fonctionnait comme on le voulait directement... Malheureusement il semble qu'il me manque un fichier classifier.jar... Auriez vous conservé à tout hasard les logs de la commande configure_nodb.pl ? Vous devriez y trouver ce genre de message d'erreur.
Downloading and unpacking RDP classifier...
--2020-04-02 01:56:39-- http://wwwuser.cnb.csic.es/~squeezem/classifier.tar.gz
Resolving wwwuser.cnb.csic.es (wwwuser.cnb.csic.es)... 161.111.70.130
Connecting to wwwuser.cnb.csic.es (wwwuser.cnb.csic.es)|161.111.70.130|:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 500 Internal Server Error
2020-04-02 01:56:40 ERROR 500: Internal Server Error.
tar (child): /opt/miniconda3/SqueezeMeta/lib/classifier.tar.gz: Cannot open: No such file or directory
tar (child): Error is not recoverable: exiting now
tar: Child returned status 2
tar: Error is not recoverable: exiting now
rm: cannot remove '/opt/miniconda3/SqueezeMeta/lib/classifier.tar.gz': No such file or directory
ln: failed to create symbolic link './classifier.jar': File exists
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Si vous n'avez plus les logs, pourriez vous relancer la commande : configure_nodb.pl path/to/db (avec db le dossier db/ lui même)
et regarder si ce message apparait ?
Si oui, il semblerait que le fichier n'arrive pas à être télécharger depuis leur serveur et donc ne s'installe pas. Il faut donc passer par un autre lien.
Get the RDP classifier tarball from https://saco.csic.es/index.php/s/RKQNjYYHWGn6Z3W Le problème c'est que le lien ne marche plus... donc il faudrait télécharger en local le fichier pour ensuite l'envoyer sur le serveur... via la le lien : http://wwwuser.cnb.csic.es/~squeezem/classifier.tar.gz
Place it in /opt/miniconda3/SqueezeMeta/lib/
(OPTIONNEL) remove the part of code wget -U '' -P $libpath http://wwwuser.cnb.csic.es/~squeezem/classifier.tar.gz; in the configure_nodb.pl.
Run configure_nodb.pl /path/to/db. It will still complain about the ERROR 500, but then it should find the classifier.tar.gz that you put in the lib directory. To check that it worked, you can try to run java -jar /opt/miniconda3/SqueezeMeta/lib/classifier.jar. It should return the help screen from the RDP classifier.
Encore désolé du dérangement, je me tiens à votre disposition en cas de problème.
J'ai rencontré un soucis avec l'étape numéro 9 du pipeline. J'ai demandé de l'aide sur le forum du logiciel et son auteur m'a dit de modifier le fichier /shared/software/miniconda/envs/squeezemeta-1.3.1/SqueezeMeta/scripts/09.summarycontigs3.pl par une version plus récente que je vous mets dans le lien ci dessous. 09.summarycontigs3.pl
Serait il possible que vous modifiez le script de votre côté car le fichier est en lecture seul du miens et je n'ai pas les droits pour le faire.
J'espère que ça sera la dernière fois que je vous embête avec ce programme mais normalement les suivants devraient pouvoir l'utiliser sans trop de soucis.
Il me semble préférable d'installer une version plus récente (avec la correction) plutôt que de modifier le fichier/version.
L'installation de la version 1.4.0beta1 est en cours:
Une fois installé, restera plus que 13 étapes à passer
