Hello à tous!
Pourriez-vous svp installer la dernière version de dorado GitHub - nanoporetech/dorado: A LibTorch Basecaller for Oxford Nanopore Reads ?
Merci encore pour le super boulot que vous faites!
Julie
Bonjour Julie,
L'installation est en cours : Draft: add dorado 0.3.0 (!1108) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
Bonne journée,
Loraine
Bonjour Julie,
Dorado est installé : module load dorado
(et les outils pod5 : module load pod5)
Bonne journée
Loraine
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Bonjour Julie,
Avez vous reussi a utiliser dorado ?
J essaye d utiliser le basecalling mais je recois l erreur:
[error] CUDA device requested but no devices found.
Avez eu le meme probleme et trouve une solution ?
Merci d avance,
Fred Chaux
Bonjour @fredchaux
Il faut demander un accès à la partition gpu : Acces à la demande à la partition gpu
Loraine
Bonjour,
Normalement je l ai deja, depuis mars 2022.
Ou alors pouvez me redonner l acces ?
Merci d avance, cdlt
Re,
Finalement ca fonctionne, je pense qu il fallait que je precise le "gres" (voir SLURM GPU - IFB Core Cluster Documentation (ifb-elixirfr.gitlab.io) ou commande sinfo -Ne -p gpu --format "%.15N %.4c %.7m %G").
Je suspecte qu il faut demander --mem qui tombe dans la meme fourchette que la capacite de la GPU (mais c est au dessus de mon niveau, je dis peut etre une betise).
A noter, mon fichier de reads en input etait tres petit (30 Mb en .pod5).
Je partage le code, au cas ou ca aiderait d autres utilisateurs futurs:
#!/bin/bash
#SBATCH --mem 10G
#SBATCH --partition gpu
#SBATCH --gres=gpu:3g.20gb
module load singularity
module load dorado/0.4.3
folder="/shared/ifbstor1/projects/amphidinium/xxx"
ref="yy.fasta"
cd $folder
model="dna_r10.4.1_e8.2_400bps_sup@v4.2.0"
modif="5mCG_5hmCG"
dorado download --model $model
dorado basecaller $model $folder --reference $ref --modified-bases $modif > mito_$modif.bam
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Bonjour @fredchaux
Contente que cela marche, peut être qu'il faudra mieux demander l'installation de la dernière version de dorado car il y a eu pas mal des changements depuis. La version actuel est v0.5.1...
Bon basecalling !
Julie
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Bonjour,
Serait-il possible d'installer la dernière version de Dorado ? C'est la 0.5.2, datée du 18 janvier 2024.
Merci par avance.
Florian
Hello @fbernard, la nouvelle version de dorado est dispo avec module load dorado/0.5.2
Bonnes analyses 
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