# Installation de ESMFold

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-de-esmfold/2761>\
**Category:** Tool or data bank request\
**Tags:** jupyterhub, python, slurm, conda\
**Created:** [Février 21, 2023, 7:16 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-de-esmfold/2761 "2023-02-21T19:16:56Z")\
**Posts on this page:** 4\
**Page:** 1

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**Author:** ![kchennen](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/kchennen/32/925_2.png) [@kchennen](https://community.france-bioinformatique.fr/u/kchennen)\
**Post date:** [Février 21, 2023, 7:16 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-de-esmfold/2761/1 "2023-02-21T19:16:56Z")

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Bonjour,  
Dans le cadre d'un projet de recherche sur l'analyse de l'impact des mutations, j'ai besoin d'une installation du programme ESMFold (le concurrent d'AlphaFold2). ESMFold, a besoin de beaucoup de GPU (\>30Go). Avec les liens ci-joints, vous pourrez trouver un protocol pour l'installation ([ESMFold\_install\_protocol.md](http://lbgi.fr/~kchennen/ESMFold_install_protocol.md)) et un jeu de données pour tester l'installation ([ESMFold\_test.zip](http://lbgi.fr/~kchennen/ESMFold_test.zip)). Pouvez-vous m'aider SVP? Merci d'avance.  
Bien cordialement,  
Kirsley

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**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\
**Post date:** [Février 22, 2023, 9:05 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-de-esmfold/2761/2 "2023-02-22T09:05:46Z")

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Bonjour Kirsley,

Je crains que l'on est pas assez de temps pour le faire (logiciel pas packagé).

Parle-t-on bien de [GitHub - facebookresearch/esm: Evolutionary Scale Modeling (esm): Pretrained language models for proteins](https://github.com/facebookresearch/esm) (il nous faut la source officielle du logiciel) ?

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**Author:** ![kchennen](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/kchennen/32/925_2.png) [@kchennen](https://community.france-bioinformatique.fr/u/kchennen)\
**Post date:** [Février 22, 2023, 9:09 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-de-esmfold/2761/3 "2023-02-22T09:09:57Z")

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Bonjour,  
Oui c'est la source c'est bien le Github officiel de [GitHub - facebookresearch/esm: Evolutionary Scale Modeling (esm)](https://github.com/facebookresearch/esm). J'ai rajouté le protocol à cause des dépendances qui peuvent manquer suivant l'environnement et qui ne sont pas spécifier dans le environment.yml (ex: Matplotlib et Biotite).

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**Author:** ![kchennen](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/kchennen/32/925_2.png) [@kchennen](https://community.france-bioinformatique.fr/u/kchennen)\
**Post date:** [Février 22, 2023, 10:09 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-de-esmfold/2761/4 "2023-02-22T10:09:41Z")

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Rebonjour David,  
Je peux essayer de l'installer dans mon environnement conda moi-même. Cependant, je n'arrive pas à voir les GPU et CUDA. J'ai regardé dans les libs de modules load et je vois bien cudatoolkit/11.6.0, pourtant je ne vois pas nvcc. Comment puis-je faire? Pouvez-vous m'aider? Merci  
Kirsley