Bonjour,
Pourriez vous installer FAN-C sur le cluster de l'IFB ?
Voici le lien vers la documentation : Getting started — FAN-C 0.9.26-beta documentation
Je vous remercie par avance,
Gaëlle Lelandais
Bonjour Gaëlle,
Tu devrais pouvoir installer FAN-C en tant qu'utilisateur avec ces commandes:
module load python/3.9
pip install fanc
Il faut également charger le module bowtie2 avec un module load bowtie2/
(base) [alebars@cpu-node-82 ~]$ fanc -h
usage: fanc <command> [options]
-- Matrix generation --
auto Automatically process an entire Hi-C data set
map Map reads in a FASTQ file to a reference genome
pairs Process and filter read pairs
hic Process, filter, and correct Hic files
...
J'ai lancé leur exemple et ca a l'air de bien fonctionner. Peut tu tester et voir si ca marche de ton côté ?
Arthur
Merci de ta réponse rapide ! J'ai l'erreur suivant lors de l'installation
Un problème avec
numpy ? Les premières étapes de l'exemple se déroulent bien (utilisation de bowtie, mais j'ai une erreur dès que des scripts python sont utilisés).Merci de ton aide,
Gaëlle
Nous avons finalement installé fan-c comme module, pour le charger: module load fanc/0.9.27 et module load bowtie2/
Toutes les dépendances python sont installées sans conflits cette fois-ci. Peux tu ré-essayer ? Désolé du délai.
Arthur
Merci à toi Arthur !
Je teste au plus vite.
Gaëlle
Cela fonctionne parfaitement ! Merci encore de ton aide Arthur.