Installation de Quade

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,

Serait-il possible d'installer le programme Quade (https://github.com/emlec/Quade ), développé au sein de mon labo?

Il fonctionne sous Python 2.7, pas encore avec Python3.

Merci par avance,
Bonne journée,

Emilie Lecomte

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Bonjour @elecomte,

Nous privilégions les installations à base de package Conda (bioconda) ou de container Singularity.

Que penses-tu de créer un package Conda pour facilité son installation et donc sa distribution et donc son adoption. De plus, cela fait passer le package à la postérité dans une optique de reproductibilité.

Je pourrais te guider dans le packaging si besoin

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Pour débuter, il y a de la doc ici : Guidelines for bioconda recipes — Bioconda documentation

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Salut, ou au pire faire juste un package python, on pourra facilement en faire un env conda.

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Quade fait parti d'un ensemble de 7 programmes, regroupés sous le nom SSV-Conta (https://github.com/emlec/SSV-Conta).

Quade permet d'effectuer le demultiplexage de nos échantillons, séquencés avec la technologie Illumina. Comme cela demande toujours un peu de temps pour maintenir un programme, je souhaiterais, remplacer Quade (et aussi Sekator, filtrage des reads, https://github.com/emlec/Sekator/ ) par bclConvert dans notre pipeline d'analyse.

Je souhaite donc comparer Quade/Sekator et bclConvert, pour ensuite, si les résultats sont concluants, ne plus utiliser Quade et Sekator.

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Bonjour,

Merci pour vos retours.
Je suis très intéressée par le packaging via conda ou singularity, même si pour le moment je n'ai pas d'expérience dans ce domaine.
Néanmoins, dans le cadre de ce projet, mon but est de remplacer Quade (python2) et Sekator (Python2.7/Cython/C) par bclConvert.

Est-il donc vraiment nécessaire de créer deux packages, tout en sachant que je dispose de peu de temps pour effectuer ce changement et que ces deux outils ne seront très probablement plus maintenus?

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Bonjour Émilie,

Dans ce cas, il me semble que le plus direct est d'installer ces outils dans votre home pour tester.
C'est très simple:

  • Quade
# Les dépendances de QUade sont déjà dispo:
module load htseq/0.11.3  # Choisir la versions (pls sont dispo)
module load python/2.7

# Installation conformément à la doc
git clone --recursive https://github.com/emlec/Quade.git
cd Quade/src
chmod u+x Quade.py
./Quade.py --version
  • Sekator
# Chargement/Installation des dépendances
module load python/2.7
pip install --user numpy cython

# Installation conformément à la doc
git clone --recursive https://github.com/a-slide/Sekator.git
cd Sekator/src
python setup.py build_ext --inplace
make clean
chmod u+x Sekator.py
./Sekator.py -h

J'ai pu faire tourner les tests avec succès.

Est-ce que cela vous convient ?

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Bonjour David,

Suite à votre message, je viens d'installer Quade et Sekator dans mon espace home.
Les deux programmes fonctionnent très bien.
Merci beaucoup!

Bonne journée,
Emilie