Installation de REPET

[Francois]

Bonjour,

REPET est en cours d'installation :

Add repet-3.0 - singularity (!261) · Merge requests · Institut Français de...

Dans le cadre de la préparation de la formation:

Installation d'outils pour l'ecole thématique Elements Transposable - 28/9 au 02/10

Bonjour J'aurais besoin de vérifier si ces différents outils sont bien installé sur le cluster pour l'ecole thématique bioinfoTE samtools bowtie2 bwa TEtools https://github.com/l-modolo/TEtools il y a deux modules, l'un est un script python et l'autre un script R. Il faut que bowtie et bowtie2 soient installés. Il a besoin de DESeq2 mais je crois qu'il l'appelle directement dans le script R. dnapipeTE https://github.com/clemgoub/dnaPipeTE il faut python 3, perl5 et R version 3 minimum. L…