Installation d'outils pour l'ecole thématique Elements Transposable - 28/9 au 02/10

merci !
Juste une question bête. Il est à quel endroit que je puisse tester ? :blush:

Depuis le login node, vous avez juste à charger l'environnement autour de l'image singularity, il y a une wrapper par exécutable dans l'image.

module load repet/3.0
srun TEannot.py --version

Si vous avez besoin d'accéder aux l'images elle-même, elles sont ici :

/shared/software/singularity/images/

En fait, je parlais de TEtools (TEcount.py et TEdiff.R), désolée si je n'étais pas claire.

@Emmanuelle_L Nous n'avons pas encore géré ce package.
C'est pour quand dans la semaine ?

c'est pour mardi apres midi

Bonjour,

module load tetools-l/1.0.0
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Bonsoir
A priori il y a un souci, la fonction $REPET_PATH ne se charge pas en lancant le singularity... REPET est super galere...
En lancant le singularity run il m'annonce bash.sh not found. Je pense qu'il manque ce code dans le build.
Pouvez vous verifier la version ?

Merci

F

Bonjour,
repet a aussi un souci à se connecter à mysql
2020-09-28 23:19:56 - DbMySql - ERROR - ERROR 2002: Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock' (2)

Bonjour,

Pouvez fournir un (ou des) exemple de commande shell qui nous permettrait de reproduire les erreurs que vous rencontrez avec Repet ?

il y a un peu de mise en place à faire avant de lancer les commandes. Est-ce que vous pouvez accéder à mon /home où les fichiers sont déjà en place?

je travaille ici:
/shared/home/fmaumus/Pt/TEdenovo

En passant, il faudrait éviter de travailler dans votre home. Nous y avons mis des petits quotas pour encourager les utilisateurs à tavailler dans leur espace /shared/project/foobar.
Merci :+1:

Oui, avec votre accord, je peux y accéder.

ok Gildas, désolé

vous avez mon accord, je me suis déplacé dans /shared/projects/bioinfo_te_2020/Pt/TEdenovo
j'ai lancé la commande suivante
launch_TEdenovo.py -P Pt -S 23456 -C TEdenovo.cfg -f MCL
qui me donne l'erreur mysql
le fichier TEdenovo.cfg indique les identifiants de connexion mysql

Bonjour,

je ne sais pas si vous avez pu avancer sur repet.

Une autre solution pour que l'on puisse faire notre TP demain serait de travailler sur des machines virtuelles.
J'ai déjà testé docker sur une appliance ubuntu et ça passe sans problème.
Croyez-vous qu'il serait possible de créer un compte aléatoire sur biosphere pour chacun des participants pour qu'ils puissent chacun lancer une appliance. Ils prendraient une machine avec 8 ou 16 CPU, selon vos préconisations. Les machines seraient éteintes mercredi soir.

Je pense que ce souci est reglé

Concernant ce souci, je ne sais pas si cela va être facile à résoudre.

Je viens de faire quelque essai dans votre $HOME (parce que vous n'avez pas déplacer le fichier
TEdenovo.cfg dans votre espace projet)

Pour éviter l’accès à /tmp/mysql.sock, j'ai modifié le fichier de config:

diff TEdenovo.cfg TEdenovo.cfg.backup
3c3
< repet_host: 127.0.0.1
---
> repet_host: localhost

Mais j'ai à peu prés le même message d'erreur:

2020-09-29 13:45:41 - DbMySql - ERROR - ERROR 2003: 
Can't connect to MySQL server on '127.0.0.1' (111)

Il serait peut-être en effet plus prudent d'envisager cette solution.

Merci, ce serait super!
Du coup nous aurions besoin de 32 comptes aléatoires sur biosphere.

Je me doutais que REPET ne sera pas simple à porter sur Singularity.

Je viens de mettre @francoissabot en contact avec Biosphère par email.

Merci beaucoup!