Installation package ChromoMap

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,

Serait-il possible d'installer le package R chromoMap SVP ?
Je vous remercie par avance,

Guillaume Velasco

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Bonjour @gvelasco,

L'installation est en cours :

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Ca devrait être bon

[glecorguille@clust-slurm-client ~]$ module load r/4.1.1
[glecorguille@clust-slurm-client ~]$ R

[...]

> library(chromoMap)
> sessionInfo()
R version 4.1.1 (2021-08-10)
Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.1.1/lib/libopenblasp-r0.3.18.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] chromoMap_0.4.1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] htmlwidgets_1.5.4 compiler_4.1.1    fastmap_1.1.0     cli_3.2.0
[5] htmltools_0.5.2   digest_0.6.29     rlang_1.0.1
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Merci beaucoup !
Il semble que je n'ai pas accès aux datasets pancandata pour la démo ni aux fichiers d'annotations

library(chromoMap)
data("pancandata")

Guillaume

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Ah, je ne suis désolé mais je ne suis pas un utilisateur de ce package.

L'auteur semble pouvoir être contacter via email :
https://cran.r-project.org/web/packages/chromoMap/vignettes/chromoMap.html#Contact