# Installation packages beast **URL:** \ **Category:** Tool or data bank request\ **Created:** [Mai 14, 2024, 11:24 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-packages-beast/4309 "2024-05-14T11:24:26Z")\ **Posts on this page:** 5\ **Page:** 1
**Author:** ![j-marin](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/j-marin/32/1401_2.png) [@j-marin](https://community.france-bioinformatique.fr/u/j-marin)\ **Post date:** [Mai 14, 2024, 11:24 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-packages-beast/4309/1 "2024-05-14T11:24:26Z")
Bonjour, pourriez-vous installer les packages ORC v1.2.0 et BEASTLabs v2.0.2 pour BEAST.app v2.7.6 ? Merci beaucoup, Julie ---
**Author:** ![Pierre-Michel](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/p/94ad74/32.png) [@Pierre-Michel](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Pierre-Michel)\ **Post date:** [Mai 14, 2025, 11:30 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-packages-beast/4309/2 "2025-05-14T11:30:12Z")
Bonjour, J'ai essayé de faire tourner beast2.7.6 avec l'option 'Optimised Relaxed Clock'. L'exécution de mon script a avorté avec ce message dans les logs d'erreurs : "The following packages are required, but not available: ORC v1.2.0, BEASTLabs v2.0.2". Sur le site de beast2 ([BEAST 2](https://www.beast2.org/managing-packages/index.html)), il est indiqué qu'on peut installer les packages de beast sur cluster dans le "user's BEAST directories" (je n'ai pas trouvé ce dossier) ou dans le "system directory" (permet d'être accessible par tous les utilisateurs, je suppose qu'il s'agit de ce dossier: /shared/ifbstor1/software/singularity/wrappers/beast2/2.7.6/). Y a-t-il un moyen d'installer des packages de beast ou beauti sur le cluster de l'IFB (en particulier le package ORC v1.2.0 et BEASTLabs v2.0.2)? Bonne journée, Pierre-Michel ---
**Author:** ![ManonConnault](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/m/8797f3/32.png) [@ManonConnault](https://community.france-bioinformatique.fr/u/ManonConnault)\ **Post date:** [Mai 16, 2025, 9:24 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-packages-beast/4309/3 "2025-05-16T09:24:06Z")
Bonjour @j-marin et @Pierre-Michel, Pour installer des packages de Beast2, il faut que vous utilisez la commande `packagemanager` mise à disposition par l'outil en spécifiant le nom du répertoire dans lequel vous souhaitez les installer : ```auto # 1 : Se déplacer dans son Home cd /shared/home/jdoe/ # 2 : Créer le répertoire si il n'existe pas mkdir -p lib/beast2/2.7.6/ # 3 : Charger Beast2 version 2.7.6 module load beast2/2.7.6 # 4 : Installer via la commande 'packagemanager' packagemanager -dir /shared/home/jdoe/lib/beast2/2.7.6 -add BEASTlabs packagemanager -dir /shared/home/jdoe/lib/beast2/2.7.6 -add ORC ``` La liste de l'ensemble des packages de Beast2 est disponible via ce lien : [Beast2 Package Manager](https://compevol.github.io/CBAN/) Une fois les packages installés, il faudra que vous indiquiez en ligne de commande ou dans votre script le chemin de ce répertoire avec la commande `java` via l'option `-Dbeast.user.package.dir` et avant d'exécuter Beast2 : ```auto java -Dbeast.user.package.dir=/shared/home/jdoe/lib/beast2/2.7.6 beast.app.beastapp.BeastLauncher beast.xml ``` Pour plus d'informations, vous pouvez vous référer à la documentation de Beast2 sur [l'installation des packages](https://www.beast2.org/managing-packages/index.html). Bonne journée, ---
**Author:** ![Pierre-Michel](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/p/94ad74/32.png) [@Pierre-Michel](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Pierre-Michel)\ **Post date:** [Mai 26, 2025, 8:17 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-packages-beast/4309/4 "2025-05-26T08:17:44Z")
> [@ManonConnault](#): > > Dbeast.user.package.dir Bonjour, Merci beaucoup pour votre retour. L'installation semble avoir fonctionné mais la dernière commande java avec l'option -Dbeast.user.package.dir retourne systématiquement le message d'erreur suivant : "Error: Could not find or load main class beast.app.beastapp.BeastLauncher Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: beast.app.beastapp.BeastLauncher" Pourtant, le chemin où les packages ont été installés existe. Je n'arrive pas à résoudre ce bug. Bonne journée, Pierre-Michel ---
**Author:** ![ManonConnault](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/m/8797f3/32.png) [@ManonConnault](https://community.france-bioinformatique.fr/u/ManonConnault)\ **Post date:** [Juin 10, 2025, 9:35 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-packages-beast/4309/5 "2025-06-10T09:35:25Z")
Bonjour @Pierre-Michel, En reproduisant l'erreur de mon côté, je me suis rendue compte que la méthode pour indiquer le répertoire où sont installés les packages de Beast2 diffère de celle proposée par la documentation officielle de cet outil. Sur le cluster de l'IFB Core, voici la méthode que vous devez utiliser : ```auto # 1 : Charger Beast2 version 2.7.6 module load beast2/2.7.6 # 2 : Ajouter le chemin du répertoire où sont installés les packages de Beast2 via la variable d'environnement 'JAVA_TOOL_OPTIONS' export JAVA_TOOL_OPTIONS="-Dbeast.user.package.dir=/shared/home/jdoe/lib/beast2/2.7.6" # 3 : Exécuter Beast2 via la commande 'beast' beast [options] ``` Si vous souhaitez voir si l'export de la variable `JAVA_TOOL_OPTIONS` a bien été prise en compte, utilisez la commande `beast -version`. Voici un exemple de sortie : ```auto Picked up JAVA_TOOL_OPTIONS: -Dbeast.user.package.dir=/shared/home/jdoe/lib/beast2/2.7.6 BEAST v2.7.6 --- BEAST.base v2.7.7 BEASTLabs v2.0.2 BEAST.app v2.7.7 ORC v1.2.0 --- Java version 17.0.3 ``` Bonne journée,