Installation packages chromVAR 3.8, JASPAR2016 3.8, motifmatchr 3.8, BS

Bonjour,

j'aurais besoin d’accéder aux packages suivants sur RStudio :
chromVAR, version = 3.8
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19, version = 3.8
JASPAR2016, version = 3.8
motifmatchr, version = 3.8

Serait-il possible de les installer dans le cluster ?

Merci par avance et bonne journée
Viviana

Bonjour @Viviana,

Quand vous parlez de version 3.8, vous parlez bien de version de Bioconductor ?
Actuellement, nous sommes en version 3.10 de Bioconductor.

Bonjour Gildas.

Non, la version 3.8 en question est pour les packages de chromVAR, motifmatchr, JASPAR2016, .....

Mais ces versions sont pour s'adapter à R 3.5.1. Pusique il n'est pas sur le core, pas besoin d'avoir des packages non adaptées à la version de R en fonctionnement.

Merci en tout cas
Bien cordialement,
Viviana

A titre d'exemple, chromVAR est

  • en verison 1.10.0 pour bioconductor-3.11
  • en version 1.8.0 pour bioconductor-3.10
  • en version 1.4.1 pour bioconductor-3.8

Nous sommes actuellement en verison 3.6.3 sous RStudio mais via l'usage de la ligne de commande (et l'usage de Slurm), nous proposont R 3.5.1

module load r/3.5.1

En résumé, je peux installer :

  • Les versions bioconductor-3.10 sur r/3.6.3 pour un accès ligne de commande ou rstudio
  • Les versions bioconductor-3.8 sur r/3.5.1 mais accessible en ligne de commande uniquement