Installation phaME

Bonjour @team.software,
serait-il possible d'installer le logiciel phaME (https://github.com/LANL-Bioinformatics/PhaME) sur le core cluster ? (logiciel pour créer des arbres phylogénétiques à partir de fasta, fastq de génome entier ou de contigs ou de données brutes)
Merci d'avance !

Avec mes salutations distinguées,
Aurélie

Bonjour,

C'est fait: https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/107
Merci @gildaslecorguille

Ca se charge comme les autres env conda avec module load.

Merci @Francois, merci @gildaslecorguille pour cette installation rapide !

Bonjour @team.software,

il semblerait qu'il y ait eu un petit soucis sur le lien du logiciel, je m'en excuse.
La version du logiciel phaME à installer est celle présente sur le lien suivant : https://github.com/mshakya/PhaME ; et non celui transmis précédemment (qui n'est plus à jour).
Serait-il possible de remplacer la version du serveur par celle-ci ?

Je vous présente, de nouveau, mes plus plates excuses pour le dérangement occasionné,
Aurélie

Bonjour,

Du coup c'est pas la version de conda que vous voulez ?

Si vous le souhaitez, vous pouvez probablement l'installer dans votre espace projet en profitant de l'env conda existant:

cd /shared/projects/(votre projet)/
module load phame/1.0.3
phame --version

Affiche :
PhaME (version 1.0.2)

(C'est d'ailleurs etrange que ce soit pas la 1.0.3)

Ensuite:

git clone https://github.com/LANL-Bioinformatics/PhaME.git
cd PhaME/
src/phame --version

Affiche:
PhaME (version 1.0.4)

Le resultat final est d'avoir un phame en version 1.0.2 ici:
/shared/mfs/data/software/miniconda/envs/phame-1.0.3/bin/phame

Et un phame en version 1.0.4 ici:
/shared/projects/taskforce/PhaME/src/phame

si vous m'autorisez à acceder a votre projet mbovis_diversity, alors je peux faire la manipulation :wink:

Après avoir cloné ce dépôt git devons-nous toujours utiliser le principe de module load / srun, ou pouvons-nous lancer directement le logiciel phame (sans srun) ? :slight_smile:

oui toujours avec load/srun, c'est juste le chemin vers le logiciel qui change et qui est donc a mettre a jour dans vos scripts de lancement

Merci pour votre aide !