Bonjour
Merci du retour ! En fait je n'ai que 250 fastq à passer... mais avec des noms de fichiers en 0-1000, 1000..., 2000..., 3000..., 4000..., 5000...!
J'ai un peu triché en écrivant des arrays en incluant le chiffre des milliers dans les noms de fichiers
par exemple
--array=1,2,3,4
[...] 1{SLURM_ARRAY}.fastq.gz
pour les fichiers en 11 12 13 14
--array=1,2,3,4
[...] 10{SLURM_ARRAY}.fastq.gz
pour les fichiers en 101 102 103 104
--array=1,2,3,4
[...] 100{SLURM_ARRAY}.fastq.gz
pour les fichiers en 1001 1002 1003 1004
etc
ça a marché même si un peu rébarbatif car il faut faire x scripts et donc batch
si une meilleure solution est proposée je suis preneur !
Merci et à bientôt
Bien cordialement
Guillaume