Bonjour,
Le module sqlite/3.30.1 vient avec sa version de python (python3.8).
Si le module est chargé en dernier, c'est cette version qui sera utilisé si on fait appel à "python"
Je pense que l'erreur vient simplement de là (même si je ne vois pas pourquoi cela aurait marché avant).
L'ordre a donc son importance et vous conseille plutôt de charger python/3.9 en dernier.
module load iqtree/2.0.3
module load python/3.9
Ou plus proprement de ne charger que le module qu'au moment de leur utilisation (et de les décharger par la suite):
module load python/3.9
python <...>
module purge
module load iqtree/2.0.3
iqtree <...>
module purge
module load clustalo/1.2.4
clustalo <...>
module purge
module load sqlite/3.30.1
sqlite <...>