Mémoire insuffisante FROGS Pre-process

Bonjour,
J'ai un message d'erreur m'indiquant que le run ne peux se faire car il utilise plus de mémoire qu'il n'en a, il s'agit du Pre-Process de Frogs que je fait tourner sur un fichier de 9.5GB. Est-il possible d'augmenter sa mémoire?
Egalement, est-il possible d'augmenter mon stockage pendant 2 mois ?
Merci

Bonjour @azyol

1 - Je viens de faire une MR increase FROGS_preprocess mem 48go (!750) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab pour augmenter la mémoire de votre outil, ce sera prochainement disponible sur usegalaxy.fr
2 - Vous avez maintenant 200GB. Tenez nous au courant lorsque vous n'aurez plus besoin de ce stockage supplémentaire.

Thomas

Merci beaucoup, en revanche ça ne fonctionne toujours pas, est-il possible d'augmenter encore la mémoire ou dois-je rééchantillonner? Mon fichier actuel fait 9.5GB mais le prochain en fait 22GB. Après cette étape je supprimerais ces fichiers.

Pouvez vous me partager votre historique ?
Ça me permettra de de mieux voir votre erreur.

Thomas

voici le lien : Galaxy | France | Accessible History | 16S1

Merci,
Les jobs 5, 6 et 7ont été lancés avant que l'augmentation de mémoire ait été appliquée.
Si les jobs 8, 9 et 10 sont toujours en erreur, prévenez moi je redonnerais plus de mémoire.

Thomas

Bonjour,
Je ne comprends pas réellement l'erreur que ça affiche suite au pre-process que j'ai effectué. Savez vous s'il s'agit encore d'une erreur de mémoire ? J'avais testé avec un fichier test sous échantillonné et je n'avais pas eu ce soucis. Merci !
Voici l'historique:
https://usegalaxy.fr/u/azime/h/its11

Bonjour,

Hier matin, nous avons fait face à un problème technique qui a depuis été résolu. En consultant vos activités, j'ai remarqué que vous avez lancé vos travaux pendant cette période, ce qui a probablement affecté leur bon déroulement. Toutefois, je vous encourage à les relancer, car tout devrait maintenant fonctionner correctement.

Je tiens à m'excuser pour les désagréments que cela a pu causer.

Cordialement,
Thomas

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Bonjour,
Malheureusement j'ai encore la même erreur : ## Application
Software: preprocess.py (version: 4.0.1)
Command: /shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/dependencies/_conda/envs/mulled-v1-293db80ceef7d41daaa86b208b7c8171e357dec3ef401336abb169acb5b1882f/bin/preprocess.py illumina --output-dereplicated /sh
Est-ce du a ce problème technique ? Si non pouvez-vous m'éclairer s'il vous plait ?
Merci !

Bonjour @azyol,

J'ai réinstallé environnement conda de l'outil, ça semble fonctionner sur mon compte.
Je vous laisse tester l'outil sur votre compte.

Thomas

Bonjour,
Merci pour votre aide, malheureusement ça n'a pas fonctionné. Nous avons ré-echantilloné nos données et le fichier fait maintenant 6.4GB (au lieu de 22), cependant lorsque je le télécharge sur Galaxy il en fait 10x plus, et le pre-process ne fonctionne pas. J'ai supprimé l'historique et démarré un nouveau je ne sais pas si cela va aider.
Merci