# Mise a disposition de nouvelles banques pour FROGS **URL:** \ **Category:** Galaxy\ **Created:** [Septembre 28, 2023, 9:52 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454 "2023-09-28T09:52:50Z")\ **Posts on this page:** 20\ **Page:** 1
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Septembre 28, 2023, 9:52 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/1 "2023-09-28T09:52:51Z")
Bonjour, Pourriez-vous intégrer à l’outil FROGS 4.1 Taxonomic affiliation, les banques de données - [http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs\_databanks/assignation/GTDB/16S-ITS-23S-DB\_GTDB\_08-RS214.tar.gz](http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs_databanks/assignation/GTDB/16S-ITS-23S-DB_GTDB_08-RS214.tar.gz) - [http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs\_databanks/assignation/REFSeq/NCBIdb\_archaea\_16S\_v1.20230726.tar.gz](http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs_databanks/assignation/REFSeq/NCBIdb_archaea_16S_v1.20230726.tar.gz) - [http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs\_databanks/assignation/REFSeq/NCBIdb\_bacteria\_16S\_v1.20230726.tar.gz](http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs_databanks/assignation/REFSeq/NCBIdb_bacteria_16S_v1.20230726.tar.gz) l'outil d'installation: [https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository?repository\_id=e38ae51e86e196b2&changeset\_revision=7403d6c4f510](https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository?repository_id=e38ae51e86e196b2&changeset_revision=7403d6c4f510) les paramètres: |20230926|16S-ITS-23S|GTDB||08-RS214|16S-ITS-23S\_GTDB\_08-RS214|[http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs\_databanks/assignation/GTDB/16S-ITS-23S-DB\_GTDB\_08-RS214.tar.gz|](http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs_databanks/assignation/GTDB/16S-ITS-23S-DB_GTDB_08-RS214.tar.gz%7C) |20230726|16S|REFseq|Bacteria|20230726|16S\_REFseq\_Bacteria\_20230726|[http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs\_databanks/assignation/REFSeq/NCBIdb\_bacteria\_16S\_v1.20230726.tar.gz|](http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs_databanks/assignation/REFSeq/NCBIdb_bacteria_16S_v1.20230726.tar.gz%7C) |20230331|16S|REFseq|Archaea|20230726|16S\_REFseq\_Archaea\_20230726|[http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs\_databanks/assignation/REFSeq/NCBIdb\_archaea\_16S\_v1.20230726.tar.gz|](http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs_databanks/assignation/REFSeq/NCBIdb_archaea_16S_v1.20230726.tar.gz%7C) [http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs\_databanks/assignation/FROGS\_databases.tsv](http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs_databanks/assignation/FROGS_databases.tsv) Merci bcp, Géraldine. ---
**Author:** ![tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/t/45deac/32.png) [@tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/u/tchaussepied)\ **Post date:** [Septembre 28, 2023, 3:32 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/2 "2023-09-28T15:32:25Z")
Bonjour @geraldinepascal, Est ce que tu peux me donner les informations suivantes, ce sont les informations demandées par votre datamanager et je ne suis pas sûr de savoir les identifier dans les paramètres que tu m'as fourni - La date de ta plus ancienne banque - les amplicons voulus - les noms des banques voulues - les noms des filtres voulus Thomas ---
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Septembre 28, 2023, 8:24 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/3 "2023-09-28T20:24:12Z")
oui bien sur. En fait ce sont les 4 premières colonnes du fichier [http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs\_databanks/assignation/FROGS\_databases.tsv](http://genoweb.toulouse.inra.fr/frogs_databanks/assignation/FROGS_databases.tsv) #date amplicon base filters 20230926 16S-ITS-23S GTDB (ici filters est vide) 20230726 16S REFseq Bacteria 20230331 16S REFseq Archaea Est ce que ca te va? ---
**Author:** ![tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/t/45deac/32.png) [@tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/u/tchaussepied)\ **Post date:** [Septembre 29, 2023, 6:41 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/4 "2023-09-29T06:41:29Z")
C'est en cours de téléchargement/installation Thomas ---
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Septembre 29, 2023, 7:09 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/5 "2023-09-29T07:09:49Z")
Merci Thomas ---
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Septembre 29, 2023, 1:47 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/6 "2023-09-29T13:47:56Z")
Bonjour @tchaussepied , le preprocess de FROGS 4.1 ne fonctionne pas. J'ai ca comme message "Unable to run job due to a misconfiguration of the Galaxy job running system. Please contact a site administrator." ---
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Septembre 29, 2023, 2:23 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/7 "2023-09-29T14:23:40Z")
je ne sais pas si tu as fais qqchose entre temps mais j'ai simplement relancé mon historique et ca a fonctionné... ---
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Octobre 2, 2023, 7:35 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/8 "2023-10-02T07:35:19Z")
Bonjour @tchaussepied , Je ne vois pas les 3 nouvelles banques sur [https://metabarcoding.usegalaxy.fr](https://metabarcoding.usegalaxy.fr). Sais -tu pourquoi? ++ ---
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Octobre 2, 2023, 3:03 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/9 "2023-10-02T15:03:26Z")
@tchaussepied , j'ai vu que les 3 banques étaient dispo, l'affiliation fonctionne avec 16S REFseq Archaea, mais ni avec 16S REFseq Bacteria, ni avec 16S-ITS-23S GTDB . Mais la bq archea est presente 1 fois, alors que les bq 16S REFseq Bacteria et 16S-ITS-23S GTDB sont presentes anormalement 2 fois dans le menu déroulement voici les messages d'erreur: Traceback (most recent call last): File "/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/dependencies/\_conda/envs/mulled-v1-241f09bfa701b3f2b8e255e0d2f26cfe062347b70bcbf621296812400efba12e/bin/taxonomic\_affiliation.py", line 552, in taxonomy = open(args.reference).readline()[1:].strip().split(None, 1)[1] FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/tool-data/frogs\_db/NCBIdb\_bacteria\_16S\_v1.20230726/NCBIdb\_bacteria\_16S\_v1.20230726.fasta,/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/tool-data/frogs\_db/NCBIdb\_bacteria\_16S\_v1.20230726/NCBIdb\_bacteria\_16S\_v1.20230726.fasta' Traceback (most recent call last): File "/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/dependencies/\_conda/envs/mulled-v1-241f09bfa701b3f2b8e255e0d2f26cfe062347b70bcbf621296812400efba12e/bin/taxonomic\_affiliation.py", line 552, in taxonomy = open(args.reference).readline()[1:].strip().split(None, 1)[1] FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/tool-data/frogs\_db/16S-ITS-23S-DB\_GTDB\_08-RS214/16S-ITS-23S-DB\_GTDB\_08-RS214.fasta,/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/tool-data/frogs\_db/16S-ITS-23S-DB\_GTDB\_08-RS214/16S-ITS-23S-DB\_GTDB\_08-RS214.fasta' Merci Thomas, Géraldine. ---
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Octobre 4, 2023, 10:12 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/10 "2023-10-04T10:12:47Z")
Bonjour @tchaussepied , Je me permets de te relancer sur la question des 2 banques de données non-fonctionnelles car la formation débute ce lundi et que je dois finir mes historiques et mes diapo. Merci Géraldine. ---
**Author:** ![tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/t/45deac/32.png) [@tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/u/tchaussepied)\ **Post date:** [Octobre 5, 2023, 1:25 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/11 "2023-10-05T13:25:22Z")
Bonjour Géraldine, ~~Je vois ce que je peux faire au plus vite.~~ - Je ne vois pas de banques dupliquées avec l'outil Taxonomc Affiliation [Galaxy | Tool Shed](https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository?repository_id=11a27cab761b5c8c) - Pour les message d'erreur, de ce que j'en comprends, il y a un bug dans ton outil, - ton outil ne "trouve" pas certains fichiers fasta. Je suis allé vérifier, ils sont bien installés sur le cluster. - je pense que ça vient du code de l'outil. ```auto open(args.reference).readline()[1:].strip().split(None, 1)[1] ``` Il veut spliter une liste de fichiers `/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/tool-data/frogs_db/16S-ITS-23S-DB_GTDB_08-RS214/16S-ITS-23S-DB_GTDB_08-RS214.fasta ` et `/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/tool-data/frogs_db/16S-ITS-23S-DB_GTDB_08-RS214/16S-ITS-23S-DB_GTDB_08-RS214.fasta` mais visiblement il ne le fait pas bien donc il chercher un fichier inexistant qui s'appelle `/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/tool-data/frogs_db/16S-ITS-23S-DB_GTDB_08-RS214/16S-ITS-23S-DB_GTDB_08-RS214.fasta,/shared/ifbstor1/galaxy/mutable-data/tool-data/frogs_db/16S-ITS-23S-DB_GTDB_08-RS214/16S-ITS-23S-DB_GTDB_08-RS214.fasta` et ce fichier ne peut pas exister ... Thomas ---
**Author:** ![tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/t/45deac/32.png) [@tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/u/tchaussepied)\ **Post date:** [Octobre 5, 2023, 1:56 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/12 "2023-10-05T13:56:52Z")
ping @geraldinepascal ---
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Octobre 5, 2023, 2:19 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/13 "2023-10-05T14:19:03Z")
je demande à @mariabernard de regarder. ---
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Octobre 5, 2023, 2:22 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/14 "2023-10-05T14:22:39Z")
et sinon, depuis que tu avais ajouté les banques, elles étaient bien proposées pour 2 d'entre elles en double dans la liste mais ce matin quand j'ai regardé à nouveau, elles avaient complètement disparues. ---
**Author:** ![mariabernard](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/mariabernard/32/47_2.png) [@mariabernard](https://community.france-bioinformatique.fr/u/mariabernard)\ **Post date:** [Octobre 5, 2023, 2:56 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/15 "2023-10-05T14:56:02Z")
Bonjour @tchaussepied JE pense que le diagnostic initial de Géraldine était le bon. Nous avons eu ça sur notre serveur dans un autre contexte. Si une base est présente 2 fois dans un .loc alors les path sont concaténés par une "," et forcément le `open(Path)` retourne un `File Not Found`. Il s'avère que quand on regarde maintenant les 3 bases ont été supprimées ... Est ce que vous pourriez relancer 2 fois le FROGS datamanager avec tout simplement - **Select database by name** = GTDB - **Select database by name** = REFseq Cela suffira à installer les 3 bases. a+ Maria ---
**Author:** ![tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/t/45deac/32.png) [@tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/u/tchaussepied)\ **Post date:** [Octobre 5, 2023, 3:00 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/16 "2023-10-05T15:00:47Z")
> [@mariabernard](#): > > Cela suffira à installer les 3 bases. Les jobs viennent d'être lancés Thomas ---
**Author:** ![geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/geraldinepascal/32/785_2.png) [@geraldinepascal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/geraldinepascal)\ **Post date:** [Octobre 6, 2023, 6:56 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/17 "2023-10-06T06:56:22Z")
Bonjour @tchaussepied , Tout fonctionne très bien. Merci pour la mise en place. Bon week-end, Géraldine. ---
**Author:** ![mariabernard](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/mariabernard/32/47_2.png) [@mariabernard](https://community.france-bioinformatique.fr/u/mariabernard)\ **Post date:** [Avril 9, 2024, 6:51 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/18 "2024-04-09T06:51:59Z")
Bonjour [@team.galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/groups/team.galaxy) Je me permets de rouvrir ce post pour l'installation de nouvelles bases de données FROGS. Via le FROGS Data Manager, il suffit d'indiquer `Download only most recent databases` la date `20240408` ce qui permettra d'installer les bases:12S\_vertebrate\_personnal\_042024 et trnl\_plant\_personnal\_042024 En vous remerciant par avance. Bonne journée Maria ---
**Author:** ![mariabernard](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/mariabernard/32/47_2.png) [@mariabernard](https://community.france-bioinformatique.fr/u/mariabernard)\ **Post date:** [Juillet 4, 2024, 12:14 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/19 "2024-07-04T12:14:52Z")
Bonjour [@team.galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/groups/team.galaxy) Une utilisatrice de galaxy IFB nous demande la mise à disposition d'une nouvelle base de référence pour FROGS. Via le **FROGS Data manager** , il suffit d'indiquer la date `20240704` dans le paramètre `Download only most recent databases` pour télécharger la base `MiFish vertebrate 2021.9` Merci à vous et bonne journée Maria ---
**Author:** ![tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/t/45deac/32.png) [@tchaussepied](https://community.france-bioinformatique.fr/u/tchaussepied)\ **Post date:** [Juillet 4, 2024, 1:24 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454/20 "2024-07-04T13:24:42Z")
Bonjour @mariabernard Je viens de lancer le Datamanager Thomas [Page suivante](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-disposition-de-nouvelles-banques-pour-frogs/3454.md?page=2)