# Mise à jour de FastQ Screen et Alientrimmer

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-jour-de-fastq-screen-et-alientrimmer/3661>\
**Category:** Tool or data bank request\
**Created:** [Novembre 27, 2023, 3:25 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-jour-de-fastq-screen-et-alientrimmer/3661 "2023-11-27T15:25:45Z")\
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**Author:** ![mhennart](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/m/d78d45/32.png) [@mhennart](https://community.france-bioinformatique.fr/u/mhennart)\
**Post date:** [Novembre 27, 2023, 3:25 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-jour-de-fastq-screen-et-alientrimmer/3661/1 "2023-11-27T15:25:45Z")

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Bonjour,

Serait-il possible de mettre à jour ces deux outils :

FastQ Screen v0.15.3 ([GitHub - StevenWingett/FastQ-Screen: Detecting contamination in NGS data and multi-species analysis](https://github.com/StevenWingett/FastQ-Screen))  
alientrimmer v2.0 ([GIPhy / AlienTrimmer · GitLab](https://gitlab.pasteur.fr/GIPhy/AlienTrimmer))

Merci d'avance,  
Mélanie HENNART

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**Post date:** [Décembre 20, 2023, 9:05 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-jour-de-fastq-screen-et-alientrimmer/3661/2 "2023-12-20T09:05:06Z")

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Bonjour [@team.software](https://community.france-bioinformatique.fr/groups/team.software),

Je me permets de relancer ma demande car elle est sans réponse. Y a-t-il un problème à l'installation ? Afin de vous aider dans cette mise à jour : [Fastq Screen :: Anaconda.org](https://anaconda.org/bioconda/fastq-screen)

Cordialement,

Mélanie

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**Post date:** [Décembre 20, 2023, 1:40 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-jour-de-fastq-screen-et-alientrimmer/3661/3 "2023-12-20T13:40:25Z")

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Désolé, je me lance

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**Author:** ![gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/gildaslecorguille/32/6_2.png) [@gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/u/gildaslecorguille)\
**Post date:** [Décembre 20, 2023, 1:46 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-jour-de-fastq-screen-et-alientrimmer/3661/4 "2023-12-20T13:46:29Z")

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Installation de fastq-screen en cours

> **[Install bioconda/fastq-screen/0.15.3 (!1247) · Merge requests · Institut...](https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/1247)**
>
> Contributor checklist This tool is not an isolated library that could...

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**Author:** ![gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/gildaslecorguille/32/6_2.png) [@gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/u/gildaslecorguille)\
**Post date:** [Décembre 20, 2023, 2:03 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-jour-de-fastq-screen-et-alientrimmer/3661/5 "2023-12-20T14:03:10Z")

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```auto
module load fastq-screen/0.15.3

```

A propos d'Alientrimmer v2.0, les développeurs (que nous ne citons pas 🙂 ) ne semble pas proposer de packaging facile à installer. Je me suis renseigné. Sinon, nous le ferons.

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**Author:** ![mhennart](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/m/d78d45/32.png) [@mhennart](https://community.france-bioinformatique.fr/u/mhennart)\
**Post date:** [Décembre 20, 2023, 3:51 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-jour-de-fastq-screen-et-alientrimmer/3661/6 "2023-12-20T15:51:55Z")

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Je vous remercie pour FastQ Screen.

J'ai installé facilement (en suivant le README) et localement Alientrimmer. Il est disponible ici : '/shared/projects/microprony/scripts/AlienTrimmer'. Si vous voulez le partager à la communauté, il fonctionne comme ceci : ./Alientrimmer

En vous remerciant,

Mélanie

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**Author:** ![gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/gildaslecorguille/32/6_2.png) [@gildaslecorguille](https://community.france-bioinformatique.fr/u/gildaslecorguille)\
**Post date:** [Décembre 21, 2023, 10:29 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/mise-a-jour-de-fastq-screen-et-alientrimmer/3661/7 "2023-12-21T10:29:47Z")

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Bonjour,

Si nous voulons l'installer pour la communauté, il va nous falloir écrire une image apptainer.  
Ce n'est pas la mer à boire mais pas bien le temps en ce moment.

Donc très bien si cela vous convient.

Et bonne fête de fin d'année.