# Module load r fail dans session intéractive

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/module-load-r-fail-dans-session-interactive/6174>\
**Category:** IFB Core Cluster\
**Tags:** r\
**Created:** [Mars 11, 2025, 10:28 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/module-load-r-fail-dans-session-interactive/6174 "2025-03-11T10:28:27Z")\
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**Author:** ![rgoulancourt2](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/r/4bbf92/32.png) [@rgoulancourt2](https://community.france-bioinformatique.fr/u/rgoulancourt2)\
**Post date:** [Mars 11, 2025, 10:28 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/module-load-r-fail-dans-session-interactive/6174/1 "2025-03-11T10:28:27Z")

</div>

Bonjour,

Lorsque je fais srun --pty bash pour une session interactive j'obtiens :

```auto
srun --pty bash
srun: job 44923085 queued and waiting for resources
srun: job 44923085 has been allocated resources
rgoulancourt2@cpu-node-27:/shared/projects/human_msc_rnaseq/2025-03-10_MSC_RNA-seq$ module load r
bash: /usr/bin/tclsh: No such file or directory

```

Alors que ça marche très bien en dehors d'une session :

```auto
module load r
rgoulancourt2@clust-slurm-client:/shared/projects/human_msc_rnaseq/2025-03-10_MSC_RNA-seq$ R

R version 4.4.1 (2024-06-14) -- "Race for Your Life"
Copyright (C) 2024 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda-linux-gnu

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

```

Est-ce que c'est normal ?

Aussi j'ai une collègue qui lance un pipeline nextflow. Elle a dans son fichier bash "module load singularity" mais le script plante car il ne le trouve pas. Est-ce que ces deux erreurs sont liées ?  
(projet mouse\_retina\_rna\_seq, (jobid 44919808) dans le dossier Nfcore)

```auto
Erreur du pipeline : Command error:
  env: ‘singularity’: No such file or directory

```

En vous remerciant,  
Rebecca

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**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\
**Post date:** [Mars 11, 2025, 12:37 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/module-load-r-fail-dans-session-interactive/6174/2 "2025-03-11T12:37:05Z")

</div>

Bonjour,

> Est-ce que c'est normal ?

Concernant la première anomalie (`/usr/bin/tclsh: No such file or directory` ), nous avons une erreur récurrente sur ce noeud (`cpu-node-27`). Je viens de retirer ce noeud du cluster.  
Le problème ne devrait pas se reproduire.

> Aussi j'ai une collègue qui lance un pipeline nextflow. Elle a dans son fichier bash "module load singularity" mais le script plante car il ne le trouve pas. Est-ce que ces deux erreurs sont liées ?

Non, ce n'est pas lié. `module load singularity` fonctionne normalement.

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**Author:** ![rgoulancourt2](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/r/4bbf92/32.png) [@rgoulancourt2](https://community.france-bioinformatique.fr/u/rgoulancourt2)\
**Post date:** [Mars 11, 2025, 12:43 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/module-load-r-fail-dans-session-interactive/6174/3 "2025-03-11T12:43:44Z")

</div>

Le problème est que pour ma collègue module load singularity fonctionne mais le script nextflow RNA-seq ne le trouve pas (erreur : Command error: env: ‘singularity’: No such file or directory).  
J'avais déjà lancé ce script quelques fois sans jamais avoir eu ce problème, savez-vous à quoi cela peut être lié ?

Merci pour votre aide