Modules pour utilisation de SparCC (DUBii)

Bonjour la team,

Encore moi !
Ne pouvant pas utiliser SPEIC_EASI je me suis tourné vers SPARCC...
Malheureusement, SparCC est un script Python qui utilise quelques modules non présent sur le cluster.
Voici la liste de module appelé au début du script :
"import warnings
import numpy as np
from numpy import (unravel_index, argmax, ones, corrcoef, cov, r_, diag, sqrt, where, nan)
from core_methods import to_fractions
from compositional_methods import variation_mat, clr
from analysis_methods import correlation
try:
from scipy.stats import nanmedian
except ImportError:
from numpy import nanmedian

Puis dans le script :
from optparse import OptionParser
from analysis_methods import basis_corr
from io_methods import read_txt, write_txt

Pourriez vous faire quelque chose pour moi :slight_smile: ?!!

Merci beaucoup par avance,

Mathias

Hello...

Petite maj... Dans le github de SparCC (https://bitbucket.org/yonatanf/sparcc/src/default/) il y a quelques uns des modules (analysis_methods.py, compositional_methods.py and core_methods.py)...
Du coup il suffira que je les copie mais cela ne règle pas mon problème avec numpy ?
Merci du coup de main.

A très bientôt,

Mathias

module load python/3.7

vous apportera ces libraries python: https://gitlab.cluster.france-bioinformatique.fr/taskforce/conda-env/blob/master/envs/python/3.7.yml

J'ai l'impression qu'il y a tout ce qu'il vous faut :slight_smile:

Rectification, je suis en train d'installer le package conda pour SparCC

A suivre ici :

@MathiasLR,

L'installation s'est terminé. Merci @gildaslecorguille

Pour l'utiliser:

module load sparcc/0.1.0

SparCC.py -h

Bonne soirée

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Ok génial.... je vais probablement tester ça ce week-en ou en début de semaine !
Merci beaucoup !

Excellent week-end,

Mathias