# Nextflow nf-core/chipseq

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/nextflow-nf-core-chipseq/3694>\
**Category:** Nextflow\
**Created:** [Décembre 7, 2023, 12:12 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/nextflow-nf-core-chipseq/3694 "2023-12-07T12:12:50Z")\
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**Post date:** [Mai 14, 2025, 6:43 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/nextflow-nf-core-chipseq/3694/4 "2025-05-14T06:43:08Z")

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Bonjour,

Ce message est un peu ancien, mais comme j'ai eu la même erreur et que la solution n'était pas si évidente à trouver, je l'indique ici:

Mon message d'erreur :

```auto
Command error:
  /var/spool/slurm/slurmd/job47584597/slurm_script: line 218: cannot create temp file for here-document: No space left on device
  INFO: Environment variable SINGULARITYENV_TMPDIR is set, but APPTAINERENV_TMPDIR is preferred
  INFO: Environment variable SINGULARITYENV_NXF_TASK_WORKDIR is set, but APPTAINERENV_NXF_TASK_WORKDIR is preferred
  INFO: Environment variable SINGULARITYENV_NXF_DEBUG is set, but APPTAINERENV_NXF_DEBUG is preferred
  WARNING: While bind mounting '/shared:/shared': destination is already in the mount point list
  Note: none of --samples-file, --ploidy or --ploidy-file given, assuming all sites are diploid
  [mpileup] 2 samples in 1 input files
  [mpileup] maximum number of reads per input file set to -d 250
  Note: The maximum per-sample depth with -d 250 is 125.0x
  .command.sh: line 20: cannot create temp file for here-document: No space left on device

```

à noter que je n'ai pas tenté de corrigé l'utilisation des variable `SINGULARITY*` par `APPTAINER*`mais seulement le fait que SINGULARITY écrive dans le `/tmp` qui est commun à tous.  
Solution inspirée de : [Nextflow doesn't set SINGULARITY\_TMPDIR env variable · Issue #2786 · nextflow-io/nextflow · GitHub](https://github.com/nextflow-io/nextflow/issues/2786)

```auto
# export d'une variable 
SINGULARITY_TMPDIR=$DIR/singularity_tmp
export SINGULARITY_TMPDIR=$SINGULARITY_TMPDIR

```

à noter que dans la solution sur github, cet export est fait dans le .bashrc. Why not à ceci près que ce sera le même dossier temporaire pour tous vos projets...

et ajout/modification de votre fichier de conf de workflow (nextflow.config ou tout autre fichier de config précisé ensuite avec l'option `-c` dans la commande Nextflow)

```auto
singularity {
  runOptions = '-B $SINGULARITY_TMPDIR:/tmp -B $SINGULARITY_TMPDIR:/shared/projects/compagne/singularity_cache_tmp/tmp'
  //Used to allow Singularity to access bashrc variables
  envWhitelist = ['SINGULARITY_TMPDIR']
}

```

c'est quand même bizarre que ce ne soit pas d'office dans le work de Nextflow ... si quelqu'un a une meilleure solution...

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