# No space left on device with nextflow

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/no-space-left-on-device-with-nextflow/6397>\
**Category:** IFB Core Cluster\
**Tags:** slurm\
**Created:** [Mai 13, 2025, 3:33 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/no-space-left-on-device-with-nextflow/6397 "2025-05-13T15:33:32Z")\
**Posts on this page:** 5\
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**Author:** ![jraynal](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/j/7ba0ec/32.png) [@jraynal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/jraynal)\
**Post date:** [Mai 13, 2025, 3:33 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/no-space-left-on-device-with-nextflow/6397/1 "2025-05-13T15:33:33Z")

</div>

Bonjour,

Lorsque je lance ma pipeline nextflow utilisant slurm qui fonctionne sans problème d'habitude, je reçois un problème d'espace pour la création d'un fichier temporaire.

Sachant que j'ai suffisamment d'espace sur mon compte je pense que le process fait référence à /tmp ou /var.

Serait-il possible de m'aider à résoudre ce problème ?

```auto
Command exit status:
  127

Command output:
  (empty)

Command error:
  /var/spool/slurm/slurmd/job47685552/slurm_script: line 22: cannot create temp file for here-document: No space left on device
  .command.sh: line 2: concat_repeat_positions.py: command not found

```

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<div class="post-metadata">

**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\
**Post date:** [Mai 14, 2025, 11:29 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/no-space-left-on-device-with-nextflow/6397/2 "2025-05-14T11:29:55Z")

</div>

Bonjour,

En effet, je pense que le job échoue à la création d'un fichier temporaire sous `/tmp`.  
Certains noeuds de calcul ont un espace `/tmp` plus réduit que d'autre (de qques 10Go à 1To), ou un autre job/utilisateur sature l'espace `/tmp` du noeud.

On travaille pour améliorer ça. En attendant, p'têtre relancer le job ou vérifier l'espace disponible dans` /tmp` avant d’exécuter NextFlow.

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<div class="post-metadata">

**Author:** ![jraynal](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/j/7ba0ec/32.png) [@jraynal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/jraynal)\
**Post date:** [Mai 14, 2025, 12:16 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/no-space-left-on-device-with-nextflow/6397/3 "2025-05-14T12:16:31Z")

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Sachant que les jobs slurm sont lancés par nextflow automatiquement et que slurm s'occupe de l'allocation sur les noeuds, y a t'il un moyen de vérifier la mémoire par avance disponible sur les noeuds ?

Bonne journée à vous

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**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\
**Post date:** [Mai 14, 2025, 12:35 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/no-space-left-on-device-with-nextflow/6397/4 "2025-05-14T12:35:36Z")

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Malheureusement non (pas pour l'instant).

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<div class="post-metadata">

**Author:** ![mariabernard](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/mariabernard/32/47_2.png) [@mariabernard](https://community.france-bioinformatique.fr/u/mariabernard)\
**Post date:** [Mai 15, 2025, 8:13 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/no-space-left-on-device-with-nextflow/6397/5 "2025-05-15T08:13:57Z")

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Hello,

Pour info, j'ai eu des problèmes similaires il y a peu et j'ai posté [ici](https://community.france-bioinformatique.fr/t/nextflow-nf-core-chipseq/3694/4) la solution adoptée.

Mon problème était lié au dossier `/tmp` utilisé par singularity, je ne sais pas si cela est directement le même problème, mais je pense que vous pouvez jouer aussi avec la variable `TMPDIR` à exporter en amont.