Ordre des outils FROGS sur https://metabarcoding.usegalaxy.fr/

Bonjour,

Je vois que les outils FROGS sont en ligne sur https://metabarcoding.usegalaxy.fr/ ! Merci beaucoup.
Par contre les outils ne sont pas dans l'ordre logique d'utilisation (corrigez moi si je me trompe mais il n'est pas possible pour le développer d'imposer un ordre ?)

Toujours est il que l'on suggère un ordre sur le github de FROGS-wrappers. Pourriez vous l'appliquer sur l'instance metabarcoding ?

Bonne journée

Maria

Oui, nous avons un mécanisme pour mettre les outils dans un ordre précis.
Nous le faisons déjà pour proteore, galaxyP et workflow4metabolomics.

Il se base sur l'ordre des outils dans les .yml

Malheureusement, pour Frogs, les outils sont tous dans le même repo ToolShed. Donc ça ne pourra fonctionner sans développement de notre côté ou sans atomiser le repo Frogs sur le TS.

ping @team.galaxy un avis ?

Hello,

Et est ce que je peux vous fournir un fichier yml? Qui serait partagé dans le repo du Toolshed ?
Et est ce qu'en attendant une solution auto, vous accepteriez une modif manuelle ? :roll_eyes:

a+

Maria

Peux-tu ouvrir une issue ici : Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab ?
Mais non, ça ne sera pas possible d'arranger manuellement, trop de risque avec integrated_tool_panel.xml de 3500 lignes :confused: Et j'ai peur que les modifications soient écrasés à chaque mise à jour d'outil

done : reorder FROGS tools on https://metabarcoding.usegalaxy.fr/ (#34) · Issues · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab