Bonjour et merci pour usegalaxy.fr,
Je dois faire une formation le 28 novembre en utilisant le GTN epigenetics/ATAC-Seq analysis (ATAC-Seq data analysis) sur usegalaxy.fr.
Je suis actuellement en train de le tester pas à pas, et il semble manquer l'outil ""Filter BAM datasets on a variety of attributes " (étape 4.1).
Par ailleurs, quand je run le workflow complet, j'ai directement le message d'erreur :
Workflow cannot be executed. Please resolve the following issue:
Following tools missing: toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/pe_histogram/pe_histogram/1.0.1
D'après ce que je comprends il manque au moins aussi l'outil pe_histogram.
Est-ce que vous pouvez installer ces outils, s'il vous plaît ?
Merci
Fabrice Legeai
Bonjour @flegeai
Je m'occupe de ça demain
Thomas
Bonjour @flegeai
pe_histogram est installé.
Il y a tous les outils présents dans ce workflow : Galaxy Training!
Bonnes analyses
Thomas
Merci !
Je teste dans la journée, et te fais un retour.
Bonjour,
Je continue à tester le process. Mais j'ai un problème de capacité mémoire pour utiliser l'outil Wig/BedGraph-to-bigWig.
This job was terminated because it used more memory than it was allocated.
Serait-il possible, s'il vous plaît, de m'ajouter un peu de mémoire pour que ça passe et s'assurer également que les participants à la formation du 1/12 pourront utiliser l'outil.
Merci!
Fabrice
Salut,
J'ai fait une MR pour lui donner plus de mémoire.
J'ai aussi fait la modif à la main sur le serveur, c'est donc directement disponible.
Merci ! Ca marche très bien.