# Paleomix phylogeny pipeline

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/paleomix-phylogeny-pipeline/2097>\
**Category:** Tool or data bank request\
**Created:** [Avril 29, 2022, 2:50 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/paleomix-phylogeny-pipeline/2097 "2022-04-29T14:50:15Z")\
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**Author:** ![ndwivedi](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/n/e9a140/32.png) [@ndwivedi](https://community.france-bioinformatique.fr/u/ndwivedi)\
**Post date:** [Avril 29, 2022, 2:50 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/paleomix-phylogeny-pipeline/2097/1 "2022-04-29T14:50:15Z")

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Bonjour,

J'aimerais pouvoir utiliser la Phylogenetic Pipeline de paleomix 1.3.6 qui nécessite plusieurs différents softwares ([Software requirements — PALEOMIX 1.3.8 documentation](https://paleomix.readthedocs.io/en/stable/phylo_pipeline/requirements.html)). Certains sont déjà des modules sur IFB mais ExaML v3.0.21 et Tabix v1.3.1 n'y sont pas et je reçois le message suivant quand je lance la commande.

 ![Screenshot 2022-04-29 at 13.57.30](https://community.france-bioinformatique.fr/uploads/default/original/1X/3e6b0e8d03fc77bb80bf331b913c5e220322d8d9.jpeg)

Serait-il possible de créer des modules pour ces softwares?

Merci beaucoup!  
Nisha

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**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\
**Post date:** [Mai 2, 2022, 1:46 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/paleomix-phylogeny-pipeline/2097/2 "2022-05-02T13:46:28Z")

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Bonjour,

Tabix est disponible via le module `htslib`:

```auto
$ module load htslib/1.13 
$ tabix --version
tabix (htslib) 1.13
Copyright (C) 2021 Genome Research Ltd.

```

Pour la partie "[Phylogenetic Inference](https://paleomix.readthedocs.io/en/stable/phylo_pipeline/requirements.html#phylogenetic-inference)", RaxML est dispo (`module load raxml/8.2.12`) mais pas [ExaML](https://github.com/stamatak/ExaML).  
ExaML n'étant pas packagé (via conda ou autre), cela risque de prendre malheureusement du temps pour le mettre à disposition...

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**Author:** ![ndwivedi](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/n/e9a140/32.png) [@ndwivedi](https://community.france-bioinformatique.fr/u/ndwivedi)\
**Post date:** [Mai 4, 2022, 9:06 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/paleomix-phylogeny-pipeline/2097/3 "2022-05-04T09:06:01Z")

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D'accord merci!  
Pourriez-vous me dire quand ExaML sera installé?

Merci

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**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\
**Post date:** [Mai 4, 2022, 5:02 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/paleomix-phylogeny-pipeline/2097/4 "2022-05-04T17:02:51Z")

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Malheureusement non. [@team.software](https://community.france-bioinformatique.fr/groups/team.software) ?