# Problème avec CANU **URL:** \ **Category:** Scientific support\ **Created:** [Juin 11, 2024, 5:02 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-canu/4390 "2024-06-11T17:02:58Z")\ **Posts on this page:** 9\ **Page:** 1
**Author:** ![vmesaschein](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/v/e68b1a/32.png) [@vmesaschein](https://community.france-bioinformatique.fr/u/vmesaschein)\ **Post date:** [Juin 11, 2024, 5:02 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-canu/4390/1 "2024-06-11T17:02:58Z")
Bonjour, Je tente d'exécuter Canu à l'aide du gpu en variant plusieurs paramètres: #SBATCH --job-name=canu #SBATCH --partition=gpu #SBATCH --gres=gpu:1g.5gb:1 #SBATCH --account=clostridium\_nanopore #SBATCH --mem=40G Je reçois la confirmation que le travail a été effectué et que les travaux associés ont été lancés: JOBID PARTITION NAME USER ST TIME NODES NODELIST(REASON) 40164833\_[1] fast meryl\_40 vmesasch PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit) 40164831\_[1] fast meryl\_45 vmesasch PD 0:00 1 (AssocGrpCPUMinutesLimit) 40164834 fast canu\_409 vmesasch PD 0:00 1 (Dependency) 40164832 fast canu\_456 vmesasch PD 0:00 1 (Dependency) Mais il apparaît alors cette information qui bloque la continuité NODELIST: AssocGrpCPUMinutesLimit. Merci pour vos conseils, ---
**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\ **Post date:** [Juin 11, 2024, 5:17 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-canu/4390/2 "2024-06-11T17:17:51Z")
Bonjour, Attention, au login, vous devez avoir l'info suivante: ```auto /!\ Your current default is demo with limited resources. ``` A défaut de préciser le compte (`--account=clostridium_nanopore`) vous êtes limité sur les ressources (limite atteinte). Ce qui est le cas des jobs indiqués (40164831, 40164832, 40164833, 40164834). Changez votre "compte par défaut" ([Troubleshooting - IFB Core Cluster Documentation](https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/troubleshooting/#slurm-invalid-account-or-accountpartition-combination-specified)) soit précisez toujours l'option `--account`. Bonne soirée ---
**Author:** ![vmesaschein](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/v/e68b1a/32.png) [@vmesaschein](https://community.france-bioinformatique.fr/u/vmesaschein)\ **Post date:** [Juin 14, 2024, 1:47 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-canu/4390/3 "2024-06-14T13:47:06Z")
Bonjour, Merci pour votre réponse et votre aide précieuse. J'ai pu exécuter CANU correctement sur l'un des génomes en utilisant ces paramètres: SBATCH --job-name=canu #SBATCH --partition=gpu #SBATCH --gres=gpu:3g.20gb:1 #SBATCH --account=clostridium\_nanopore #SBATCH --heure 24:00:00 Mais quand j'utilise tous les génomes (50) cela me donne l'erreur suivante : **-- BEGIN CORRECTION** **--** **-- OVERLAPPER (mhap) (correction) complete, not rewriting scripts.** **--** **--** **-- Mhap overlap jobs failed, tried 2 times, giving up.** **-- job correction/1-overlapper/results/000001.ovb FAILED.** **-- job correction/1-overlapper/results/000003.ovb FAILED.** **--** ABORT: ABORT: canu branch HEAD +0 changes (r10117 5638f7d9a5379373310ab62c28aa0cdbd864722d) ABORT: Don't panic, but a mostly harmless error occurred and Canu stopped. ABORT: Try restarting. If that doesn't work, ask for help. Savez-vous ce qui pourrait causer cette erreur ? Merci! ---
**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\ **Post date:** [Juin 14, 2024, 3:24 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-canu/4390/4 "2024-06-14T15:24:40Z")
Bonjour L'option `#SBATCH --heure` n'existe pas... L'option `--time` oui. Pour le reste, le job tourne et il n'y a pas d'erreur pour moi. C'est pour moi lié à `canu`. Avez-vous le fichier de log complet ? Avez-vous regarder les erreurs de ce type signalés (par exemple :[Mhap precompute jobs failed, tried 2 times, giving up. · Issue #1863 · marbl/canu · GitHub](https://github.com/marbl/canu/issues/1863)) ? ---
**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\ **Post date:** [Juin 14, 2024, 3:26 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-canu/4390/5 "2024-06-14T15:26:56Z")
Pourquoi utiliser les GPU ? Sauf erreur de ma part `canu` n'utilise pas les GPU. ---
**Author:** ![vmesaschein](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/v/e68b1a/32.png) [@vmesaschein](https://community.france-bioinformatique.fr/u/vmesaschein)\ **Post date:** [Juin 17, 2024, 8:07 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-canu/4390/6 "2024-06-17T08:07:29Z")
Bonjour David, Désolée, j'ai eu des erreurs dans l'envoi du message, je confirme que les paramètres que j'ai utilisé sont les suivants, j'ai fait un test avec un seul génome et cela a bien fonctionné mais pas quand j'ajoute les 50 génomes que je dois traiter, cela ne fonctionne pas. J'ai vu cette erreur dans le forum Canu mais cela ne m'aide pas à résoudre le problème. #SBATCH --job-name=canu #SBATCH --account=clostridium\_nanopore #SBATCH --time 24:00:00 #SBATCH --mem-per-cpu=100GB module load gcc/11.2.0 module load canu/2.1.1 [canu.out.pdf](https://community.france-bioinformatique.fr/uploads/short-url/pAl1pV9c7zjT03n55k2JWtnBpLc.pdf) (28,0 Ko) Merci beaucoup pour votre aide, ---
**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\ **Post date:** [Juin 19, 2024, 8:49 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-canu/4390/7 "2024-06-19T08:49:57Z")
Je pense que c'est lié à canu ou vos données mais cela dépasse malheureusement mes compétences. ---
**Author:** ![vmesaschein](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/v/e68b1a/32.png) [@vmesaschein](https://community.france-bioinformatique.fr/u/vmesaschein)\ **Post date:** [Juin 19, 2024, 8:53 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-canu/4390/8 "2024-06-19T08:53:19Z")
Merci David pour votre réponse. Est-ce qu'il est possible d'installer la dernière version de CANU v2.2 ? ---
**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\ **Post date:** [Juin 19, 2024, 2:36 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-canu/4390/9 "2024-06-19T14:36:33Z")
C'est fait. Comme d'habitude: ```auto module load canu/2.2 ```