Bonjour @vchochois,
J'ai testé le workflow nanoclust sur le cluster et j'ai pu identifié pourquoi les environnements Conda nécessaires à l'exécution des étapes n'étaient pas créés : il manque une option dans le fichier de configuration nextflow.config, plus précisément au niveau de la définition du profil conda du workflow.
[...]
profiles {
test { includeConfig 'conf/test.config' }
conda {
process {
withName: demultiplex { conda = "$baseDir/conda_envs/demultiplex/environment.yml" }
withName: demultiplex_porechop { conda = "$baseDir/conda_envs/demultiplex_porechop/environment.yml" }
[...]
Il faut ajouter l'option conda.enabled = true :
[...]
profiles {
test { includeConfig 'conf/test.config' }
conda {
conda.enabled = true
process {
withName: demultiplex { conda = "$baseDir/conda_envs/demultiplex/environment.yml" }
withName: demultiplex_porechop { conda = "$baseDir/conda_envs/demultiplex_porechop/environment.yml" }
}
[...]
Une fois cette option ajoutée, pour exécuter ce workflow, vous devez seulement charger le module nextflow avec la version attendue (désignée comme X.X.X ci-dessous) :
module load nextflow/X.X.X
nextflow run main.nf -profile conda [-options]
Les environnements Conda se créeront au fur et à mesure que les étapes s'exécuteront.
Bonne journée,