J'utilise gblocks dans un environnement pour une analyse phylogénétique des coronavirus
/shared/home/jvanhelden/coronavirus_insertions/scripts/conda-environment.yml
Sur mon Mac tous les programmes s'installent et fonctionnent.
Sur le cluster j'ai un problème: après installation de l'environnement, gblocks
n'est pas installé.
J'ai essayé de l'installer directement avec conda
et j'ai le même problème: conda me dit qu'il a installé gblocks
mais le logiciel ne se trouve pas dans le path.
conda install -c bioconda gblocks
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.8.2
latest version: 4.8.3
Please update conda by running
$ conda update -n base conda
## Package Plan ##
environment location: /shared/projects/project_rsat/conda/env/covid-19
added / updated specs:
- gblocks
The following NEW packages will be INSTALLED:
gblocks bioconda/linux-64::gblocks-0.91b-1
Proceed ([y]/n)? y
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(/shared/projects/project_rsat/conda/env/covid-19) [jvanhelden@clust-slurm-client coronavirus_insertions]$ which gblocks
/usr/bin/which: no gblocks in (/shared/software/miniconda/bin:/shared/projects/project_rsat/conda/env/covid-19/bin:/shared/mfs/data/software/miniconda/condabin:/shared/home/jvanhelden/miniconda3/bin:/shared/software/sinteractive:/shared/software/modules/4.1.4/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/go/1.11.5/bin:/opt/go/packages/bin:/shared/home/jvanhelden/.local/bin:/shared/home/jvanhelden/bin)
Même résultat après avoir désinstallé puis réinstallé gblocks.
J'ai essayé avec un autre canal mais rien n'y change .
conda install -c dunnlab gblocks
Quelqu'un sait-il comment faire tourner gblocks
sur le cluster ?
Merci!
Jacques