Problème avec sbatch et nf-core

IFB Core Cluster Support IFB Core Cluster
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Bonjour,

Depuis hier soir, j'essaie de lancer un pipeline nf-core sur le cluster via sbatch mais ça ne fonctionne pas. Le job ne démarre même pas, aucun fichier slurm n'est créé. En regardant l'état du job avec sacct, le job principal et le job batch sont indiqués comme FAILED.

Il me semble que le problème vienne de sbatch : en faisant tourner le programme directement via srun, tout se lance correctement.
L'ID d'un des jobs est 22733757

Que puis-je faire pour faire fonctionner sbatch ?

Bien cordialement
Yves Clément

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Bonjour Yves,

Il n'y a pas de raison que cela ne fonctionne pas avec sbatch si ce n'est des erreurs dans les options (#SBATCH).

Pouvez-vous nous communiquer le script (ou l'emplacement) du script qui est lancé (en message direct si besoin) ?

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Bonjour,

Je viens de réessayer, ça fonctionne très bien. Ça ne devait être que temporaire.

Désolé pour le dérangement
Yves Clément

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