Problème de librairie avec Trinity/Samtools

IFB Core Cluster Support IFB Core Cluster
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Bonjour

j'essaie de lancer l'assembleur trinity sur le noeud 69 mais il semble y avoir un problème de librairie avec l'installation actuelle:

Le script:

#!/bin/sh
#SBATCH -J TRINITY
#SBATCH -p fast
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH -t 1:00:00
#SBATCH -o slurm.%N.%j.%a.out
#SBATCH -e slurm.%N.%j.%a.err

module load conda
source activate trinity-2.8.4

dir=/shared/projects/phycovir

Trinity
--genome_guided_bam $dir/RNA.merged.sorted.bam
--jaccard_clip
--genome_guided_max_intron 1500
--max_memory 2500G --CPU 60
--output $dir/trinity-genomeGuided.output
--SS_lib_type RF
--full_cleanup --verbose --include_supertranscripts

source activate

Le message d'erreur:

samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory
Use of uninitialized value $version in split at /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/trinity-2.8.4/bin/Trinity line 3751.
Use of uninitialized value $major in numeric ne (!=) at /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/trinity-2.8.4/bin/Trinity line 3752.
Error, need samtools installed that is at least as new as version 1.3 at /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/trinity-2.8.4/bin/Trinity line 3753.

Comment peut on rectifier le problème?
Merci
Guillaume

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Ca ressemble beaucoup à ce bug dans conda qui peut se résoudre comme ça : https://github.com/bioconda/bioconda-recipes/issues/12100

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Bonjour Guillaume,

Oui tout à fait.
Le problème est identique à ce ticket: Utilisation de la suite samtools
@gildaslecorguille a traité le problème pour samtools mais je n'arrive pas à reproduire sa solution.

On revient vers vous dès que possible.

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Guillaume,

En attendant que l'on corrige l'installation de Trinity, vous pouvez essayer de charger samtools comme suit dans votre script:

module load samtools/1.9

Trinity/samtools devrait alors fonctionner.

Bonne fin de journée