# Probleme de Quast 5.0.2

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-de-quast-5-0-2/1948>\
**Category:** Tool or data bank request\
**Tags:** module\
**Created:** [Mars 9, 2022, 1:26 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-de-quast-5-0-2/1948 "2022-03-09T13:26:57Z")\
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**Author:** ![Seb](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/s/8edcca/32.png) [@Seb](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Seb)\
**Post date:** [Mars 9, 2022, 1:26 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-de-quast-5-0-2/1948/1 "2022-03-09T13:26:57Z")

</div>

Bonjour,  
quast plante avec le message suivant:

```auto
WARNING: Can't draw plots: python-matplotlib is missing or corrupted.

Reference:
  /shared/ifbstor1/home/santinis/raw_data/MLC_20200107.fasta ==> MLC_20200107

Contigs:
  Pre-processing...

No module named 'joblib3'
Traceback (most recent call last):
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast_libs/qutils.py", line 1049, in run_parallel
    import joblib
ModuleNotFoundError: No module named 'joblib'

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/bin/quast", line 307, in <module>
    return_code = main(sys.argv[1:])
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/bin/quast", line 107, in main
    contigs_fpaths, old_contigs_fpaths = qutils.correct_contigs(contigs_fpaths, corrected_dirpath, labels, reporting)
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast_libs/qutils.py", line 180, in correct_contigs
    old_fpaths, corr_fpaths, broken_scaffold_fpaths, logs, is_fatal_error = run_parallel(parallel_correct_contigs, parallel_run_args, n_jobs)
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast_libs/qutils.py", line 1064, in run_parallel
    from joblib3 import Parallel, delayed
ModuleNotFoundError: No module named 'joblib3'
ERROR! exception caught!

```

Merci d'avance [@team.software](https://community.france-bioinformatique.fr/groups/team.software)  
Seb.

---

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**Post date:** [Mars 10, 2022, 4:21 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-de-quast-5-0-2/1948/2 "2022-03-10T16:21:30Z")

</div>

> [@Seb](#):
>
> `python-matplotlib is missing or corrupted`

Installation de Matplotlib dans l'env de Quast en cours ...

> **[Add matplotlib in deps of bioconda/quast/5.0.2 (!749) · Merge requests ·...](https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/749)**
>
> Should fix: https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-de-quast-5-0-2/1948

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</div>

Dès `Production`-\> `IFB Conda` est vert, tu pourras retester

> **[Pipeline · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab](https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/pipelines/489288888)**
>
> GitLab.com

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</div>

Merci beaucoup!  
🙏

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**Post date:** [Mars 11, 2022, 7:36 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-de-quast-5-0-2/1948/5 "2022-03-11T07:36:06Z")

</div>

Bonjour Gildas,  
le même message persiste malgré cette opération.  
Seb.

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</div>

Est-ce que tu peux tenter quelque chose comme ça :

```bash
module load quast
python -c 'import joblib'

```

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</div>

> [@gildaslecorguille](#):
>
> `python -c 'import joblib'`

renvoie:

Traceback (most recent call last):  
File "", line 1, in   
ModuleNotFoundError: No module named 'joblib'

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</div>

tout semble maintenant fonctionner.  
Merci.

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</div>

Qu'as-tu fait entre temps ?

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</div>

d'après ce que je comprends:

- Si je source un script pour charger plusieurs modules et préparer l'environment, j'ai l'erreur et quast ne fonctionne pas
- Si je charge le module à la main, il n'y a pas d'erreur et quast fonctionne

voici la boucle utilisée pour le chrgement des modules (j'ai mis ça en place car je débute avec module et ne le connais pas assez pour lui faire charger une liste de modules préselectionnés).

for i in `cat /shared/projects/form_2022_016/softwares/modules.list`  
do  
MODULE=`echo $i | cut -f 1 -d "/"`  
PRESENT=`module list | grep -c ${MODULE}`  
if [["${PRESENT}" -eq "0"]]  
then  
echo "loading module" $i  
module load $i  
fi  
done

---

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</div>

On peut aussi load plusieurs modules via un seul  
`module load tool1/version tool2/version`

Sinon, il faut toujours un peu se méfier quand on empile des modules. Par exemple, si plusieurs outils sont sur base de R, perl ou python, c'est le dernier module chargé qui gagne.

Ainsi, il est préférable de charger le module nécessaire juste avant de lancer l'outil :

```bash
module purge
module load tool1/version
tool1 blabla
module unload tool1/version

module load tool2/version
tool2 blabla
module unload tool2/version

```

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<div class="post-metadata">

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**Post date:** [Mars 11, 2022, 11:32 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-de-quast-5-0-2/1948/12 "2022-03-11T11:32:47Z")

</div>

Super !  
Merci pour l'explication, je vais mettre ça en pratique.

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<div class="post-metadata">

**Author:** ![vmesaschein](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/v/e68b1a/32.png) [@vmesaschein](https://community.france-bioinformatique.fr/u/vmesaschein)\
**Post date:** [Février 12, 2025, 11:04 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-de-quast-5-0-2/1948/13 "2025-02-12T11:04:49Z")

</div>

Bonjour,

J'essaie d'utiliser QUAST v5.0.2 :

module load quast  
python -c 'import joblib'

mais indique des erreurs dans certains modules python, j'ai pu charger certains d'entre eux mais celui-ci n'a pas de solution :

module 'cgi' has no attribute 'escape'  
Traceback (most recent call last):  
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/bin/quast", line 307, in   
return\_code = main(sys.argv[1:])  
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/bin/quast", line 148, in main  
from quast\_libs import basic\_stats  
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast\_libs/basic\_stats.py", line 15, in   
from quast\_libs.circos import set\_window\_size  
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast\_libs/circos.py", line 25, in   
from quast\_libs.icarus\_utils import get\_assemblies, check\_misassembled\_blocks, Alignment  
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast\_libs/icarus\_utils.py", line 15, in   
from quast\_libs.html\_saver.html\_saver import trim\_ref\_name  
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast\_libs/html\_saver/html\_saver.py", line 18, in   
from quast\_libs.site\_packages.jsontemplate import jsontemplate  
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/quast-5.0.2/opt/quast-5.0.2/quast\_libs/site\_packages/jsontemplate/jsontemplate.py", line 583, in   
'html': cgi.escape,  
^^^^^^^^^^  
AttributeError: module 'cgi' has no attribute 'escape'  
ERROR! exception caught!

Merci d'avance,

---

<div class="post-metadata">

**Author:** ![ManonConnault](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/m/8797f3/32.png) [@ManonConnault](https://community.france-bioinformatique.fr/u/ManonConnault)\
**Post date:** [Février 12, 2025, 1:00 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-de-quast-5-0-2/1948/14 "2025-02-12T13:00:39Z")

</div>

Bonjour @vmesaschein,

Quelles commandes avez-vous lancé ? Est-ce que vous avez chargé d'autres modules ?

Merci par avance de votre réponse,