Problème lié à TCL lors du lancement de modules

IFB Core Cluster
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Bonjour,

Afin de lancer certaines commandes je dois loader certains modules sur le cluster IFB avec des versions spécifiques. Cependant, avoir chargé ces modules j'ai une erreur qui indique qu'il n'existe pas de fichiers init.tcl.

Les modules que je charge:

module load pypy/2.7-5.10.0
module load snakemake/5.3.0
module load r/3.6.3
module load python/2.7

Le message d'erreur:

application-specific initialization failed: Can't find a usable init.tcl in the following directories:
/opt/prefix/lib/tcl8.6 /usr/lib/tcl8.6 /lib/tcl8.6 /usr/library /library /tcl8.6.7/library /tcl8.6.7/library

This probably means that Tcl wasn't installed properly.

Loading snakemake/5.3.0
ERROR: Can't find a usable init.tcl in the following directories:
/opt/prefix/lib/tcl8.6 /usr/lib/tcl8.6 /lib/tcl8.6 /usr/library /library /tcl8.6.7/library /tcl8.6.7/library
This probably means that Tcl wasn't installed properly.

J'ai cet erreur pour snakemake et r. Je n'avais pas cette erreur avant. Savez-vous d'où cette erreur peut venir ?

Merci d'avance !

Cordialement,
Pierre Barry

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Bonjour,

En effet, il semble qu'il y ait un problème avec le module pypy/2.7-5.10.0.
Pouvez-vous simplement basculer sur le module pypy/3.5-7.0.0 ?

Au passage, attention lorsque vous chargez plusieurs environnements.
Par exemple, snakemake/5.3.0 utilise et charge un python3.6.
Mais si vous chargez par la suite le module python/2.7, vous pourriez alors perturber le fonctionnement de snakemake.
D'une manière générale, il vaut mieux charger les modules au moment où on les utilise, les décharger (ou purge) et charger les modules suivants.

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Bonjour,

Merci de votre réponse et des conseils sur les modules. Malheureusement j'ai essayé de charger le module pypy/3.5-7.0.0, mais lorsque je fais ça et que j'essaye de lancer la commande pypy malheureusement j'ai un message qui me dit que pypy n'est pas installé sur la machine. Est ce que cela viendrait d'un problème avec ce nouveau module ?

Merci,

Pierre

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Essayer plutôt pypy3 :wink:

$ module load pypy/3.5-7.0.0
$ pypy3 --version
Python 3.5.3 (1f86f25937b6ae6c8b25236c35228fac587678bf, Mar 04 2019, 17:27:39)
[PyPy 7.1.0-alpha0 with GCC 7.3.0]
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Bonjour,

J'ai depuis quelques jours ce message de façon plus ou moins aléatoire pour au moins 2 scripts distincts :

/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: line 37: /usr/bin/tclsh: No such file or directory

Cela n'a pas l'air d'affecter les résultats.

Le problème a l'air plus amont que le problème de quelques modules (????) car dans un cas, j ne charge pas de module, et dans d'autre cas oui :

module load fastx_toolkit/0.0.14
module load clustalw/2.1
module load blast/2.12.0
module load bc/1.07.1

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Bonjour,

Il y avait certains noeuds en erreur (la commande "module" ne fonctionnait plus).
Ca normalement été résolu.
Dites-nous si cela persistait encore.

PS: Merci d'ouvrir un nouveau sujet pour toute nouvelle question.

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Bonjour,

Merci pour la solution avec pypy3 ça marche ! Par contre j'ai testé par curiosité et j'ai toujours le même message lorsque j'essaye de charger pypy/2.7-5.10.0, pour information !

Merci,

Pierre