Bonjour,
Il semblerait qu'il manque un fichier dans l'environnement de Blobtools...
En effet, lors de l'utilisation du logiciel Blobtools (1.1.1), je tombe sur une erreur dès la première commande :
> genome=/shared/projects/microalgae_ho_tl/Haslea_O/Flye2.9/Meta_PB-2021/HOB9-Sept2021-2.9.metaflye.racon3.fasta
> blastout=/shared/projects/microalgae_ho_tl/Haslea_O/Flye2.9/Meta_PB-2021/blobtools_long/Meta_PB-2021.tmp.blastout
> bam=/shared/projects/microalgae_ho_tl/Haslea_O/Flye2.9/Meta_PB-2021/blobtools_long/Meta_PB-2021_diamond.sort.bam
> out=/shared/projects/microalgae_ho_tl/Haslea_O/Flye2.9/Meta_PB-2021/blobtools_long/Meta_PB-2021.tmp.blobtools
> blobtools create -i $genome -t $blastout -o $out -b $bam
[+] Parsing FASTA - ../HOB9-Sept2021-2.9.metaflye.racon3.fasta
[ERROR:28] : Please specify "--names" and "--nodes", or "--db"
Il semblerait que la DB prise par défaut par Blobtools n'ait pas été installée, ou en tout cas soit introuvable par le logiciel. J'ai essayé de la chercher dans les dossiers d'installation, mais idem : introuvable.
J'ai donc suivi ce qui est indiqué dans le github (GitHub - DRL/blobtools: Modular command-line solution for visualisation, quality control and taxonomic partitioning of genome datasets) et lancé les commandes suivantes :
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz -P data/
tar zxf data/taxdump.tar.gz -C data/ nodes.dmp names.dmp
blobtools nodesdb --nodes data/nodes.dmp --names data/names.dmp
Malheureusement il semblerait qu'une permission plus élevée que la mienne soit requise pour ajouter une DB à Blobtools car j'obtiens l'erreur suivante lors de la dernière commande :
[+] Creating nodesDB from nodes.dmp and names.dmp
[+] Store nodesDB in default location /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blobtools-1.1.1/lib/python3.6/site-packages/blobtools/../data/nodesDB.txt
Traceback (most recent call last):
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blobtools-1.1.1/bin/blobtools", line 10, in <module>
sys.exit(main())
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blobtools-1.1.1/lib/python3.6/site-packages/blobtools/interface.py", line 84, in main
nodesdb.main()
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blobtools-1.1.1/lib/python3.6/site-packages/blobtools/nodesdb.py", line 27, in main
nodesDB, nodesDB_f = BtIO.parseNodesDB(nodes=nodes_f, names=names_f, nodesDB=None, nodesDBdefault=nodesDB_default)
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blobtools-1.1.1/lib/python3.6/site-packages/blobtools/BtIO.py", line 619, in parseNodesDB
writeNodesDB(nodesDB, nodesDB_f)
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blobtools-1.1.1/lib/python3.6/site-packages/blobtools/BtIO.py", line 660, in writeNodesDB
with open(nodesDB_f, 'w') as fh:
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blobtools-1.1.1/lib/python3.6/site-packages/blobtools/../data/nodesDB.txt'
Et impossible de changer le dossier où le fichier nodesDB.txt sera stocké (aucune option pour).
J'obtiens également la même erreur si j'utilise les options --names et --nodes avec la commande de blobtools create, comme il essaye toujours de créer des fichiers dans /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/blobtools-1.1.1/lib/python3.6/site-packages/data .
Pourriez-vous essayer de lancer les commandes de création d'une DB à Blobtools, ou auriez-vous une idée de comment résoudre le problème rencontré ? 
En espérant que vous pourrez m'aider,
Merci par avance du temps que vous consacrerez à ma demande,
Aurélie