Bonjour
Je voulais mapper mes échantillons avec STAR.
J'ai 56 échantillons au total (soit 136GB de fastq en .gz).
Voici mon script de départ :
#!/usr/bin/bash
#SBATCH -p fast
#SBATCH --mem=30G
#On dit sur quel type de partition
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --array=0-55%8
#ATTENTION Script a lancer depuis
cd /shared/mfs/data/projects/epaj/RAW_DATA/fastq
INPUTS=(R1fastq.gz)
INPUTS2=(R2fastq.gz)
module load star/2.6
module load samtools
module load subread
module load multiqc
srun -c $SLURM_CPUS_PER_TASK STAR
--runThreadN $SLURM_CPUS_PER_TASK
--genomeDir /shared/mfs/data/projects/epaj/all_sample/index
--sjdbGTFfile /shared/mfs/data/projects/epaj/RAW_DATA/gtf/Equus_caballus.EquCab3.0.99.gtf
--readFilesCommand zcat
--outFileNamePrefix /shared/mfs/data/projects/epaj/all_sample/BAM/${INPUTS[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]%S*}
--readFilesIn ${INPUTS[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]} ${INPUTS2[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}
--outSAMtype BAM SortedByCoordinate
--alignSoftClipAtReferenceEnds No
--alignEndsType EndToEnd
--alignIntronMax 86545
--alignMatesGapMax 86545 \
Pour les 3/4 des échantillons, le mapping se passe bien. Pour une dizaine, j'ai ce message d'erreur qui apparaît :
Apr 11 17:41:13 ..... started STAR run
Apr 11 17:41:13 ..... loading genome
Apr 11 17:41:39 ..... processing annotations GTF
Apr 11 17:41:52 ..... inserting junctions into the genome indices
Apr 11 17:44:10 ..... started mapping
Apr 11 18:00:40 ..... started sorting BAM
EXITING because of FATAL ERROR: number of bytes expected from the BAM bin does not agree with the actual size on disk: Expected bin size=369726054 ; size on disk=259325952 ; bin number=45
Apr 11 18:00:41 ...... FATAL ERROR, exiting
srun: error: cpu-node-6: task 0: Exited with exit code 1
J'ai essayé de lancer le mapping en 2 groupes avec une sortie dans 2 dossiers mais il m'arrive exactement la même chose même dans ce cas.
Est ce que vous pouvez m'aider ? Est ce que je demande trop d'analyses d'un coup ?
Merci beaucoup
Emilie