Problèmes utilisation Alphafold2 v2.1.1

Bonjour,

Dans le cadre de mon stage de Master 2 je souhaiterais utiliser Alphafold2 mais pour l'instant je n'ai pas réussi. J'ai commencé par créer un compte pour avoir accès au cluster de l'IFB ainsi qu'un projet pour mes futures modélisations. J'ai voulu essayer l'approche batch comme indiqué à l'adresse suivante [Alphafold2 - IFB Core Cluster Documentation] mais sans succès. L'erreur retournée est la suivante 'Invalid account or account/partition combination specified'. Pour les 2 autres approches (interactive et Jupyter) la même erreur est indiquée.

Vous remerciant par avance pour l'attention que vous porterez à ma demande,

Bonjour,

Tout d'abord, il faut demander l'accès à la partition GPU pour y avoir accès (https://community.france-bioinformatique.fr/t/acces-a-la-demande-a-la-partition-gpu/).
Je viens d'autoriser l'accès pour votre projet/account.

Par la suite, il faut préciser le account/projet (--account=<monprojet>) lors de la soumission de job ou plus simplement indiquer que son account par défaut est <monprojet>.
C'est ce que je vous conseille puisque Jupyter utilise le compte par défaut (et pour l'instant on ne peut pas choisir).
Pour modifier cet account utilisé par défaut (cf Problème connexion au jupyterHub - #2 par nc-support):

# Se connecter en ligne de commande sur le cluster (core.cluster.france-bioinformatique.fr)
# remplacer <project-name> par le nom de votre projet
sacctmgr update user $USER set defaultaccount=<project-name>

Vous pouvez également vous appuyer sur l'utilitaire status_bars qui vous donnera des informations sur les projets/accounts:

status_bars --help

Bonne soirée

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