Bonjour,
un message pour vous indiquez que depuis quelques jours, la frontale du cluster de l'IFB est très lente. Au moins un autre utilisateur expérimente ce ralentissement (les commandes mettent du temps à s'exécuter). Par conséquent je me demandais si ce problème était général, et pouvais être dû, éventuellement aux fortes chaleurs?
Merci pour votre accompagnement,
Christelle.
Bonjour,
A priori ce n'est pas à cause de la chaleur, mais on a effectivement quelques souci sur le stockage qui peuvent provoquer des lenteurs.
On est en train d'essayer de régler le souci.
Bonjour,
Peut-être lié à ça ,j' ai aussi un problème de me connecter au cluster via ssh avec FileZilla.
Message: "Connection timed out after 20 seconds of inactivity". Par contre je peux faire de rsync via le terminal !
Idem pour moi.
Difficulté et lenteur à me connecter en ssh (avec MobaXterm), mais la connexion aboutit au bout de quelques dizaines de secondes.
De plus, impossibilité de me connecter en sftp avec FileZilla, mais connexion possible avec MobaXterm !!
tout pareil, c'est très diificile de lancer des jobs et de se connecter 
merci en tout cas à @team.ifbcorecluster pour votre travail, on sera patients 
Chloé
Il y a un certain temps, j'ai cru avoir complètement planté le core avec un script qui générait beaucoup de petits fichiers (style 1 million de fichiers d'1ko). Heureusement, je regardais le truc en direct et j'ai pu interrompre le script avant la cata. J'ai l'impression que le système de fichiers déteste littéralement quand il y a de nombreux petits fichiers; ce qui pourtant n'est pas forcément inhabituel (même si mauvaise pratique) en bioinfo.
J'ai résolu le problème en passant un tar.gz à mon programme et en décompressant en RAM, mais il faut pour ça avoir les sources du logiciel et mettre les mains dans le cambouis. Il faudrait peut-être mettre à jour la doc du cluster pour indiquer cette limite (ou de bricoler les quotas pour brider le nombre de fichiers par utilisateur ou projet, je ne sais pas si c'est possible); j'ai l'impression qu'on peut vraiment planter le cluster sans le faire exprès, avec un script qui s'exécute en 30 secondes sur un PC de bureau (SSD et fs ext4).