Reached CPU time limit, erreur sur le server Rstudio

Bonjour à tous, je suis tout nouveau et n'ai jamais utilisé de core avant.
Je cherche surtout pour le début à me servir du rstudion server mais je rencontre un problème dès que je lance un travail long : reached CPU limit time. J'ai jamais eu ce problème sur ma machine (40 cores, 64 Gb) et je trouve rien en ligne pour m'indiquer d'où vient le problème.
J'ai tenté de le parallèliser ou non mais ça ne change rien.
Des idées ?
ps : il s'agit d'une fonction assez simple -> rarefy du package vegan. C'est un truc long mais c'est pas trop gourmand non plus.

Merci !
Rémy

Bonjour Rémy,

Ce n'est pas une petite machine :stuck_out_tongue:

Notre serveur RStudio a 56 cores (hyper threaded) - 512GB ... mais est partagé.
Avez-vous pensé à basculer en ligne de commande ?

La version de R de RStudio est aussi disponible en ligne de commande. Et derrière celle-ci et Slurm, nous avons 70 nodes de calcul 56 core (hyper threaded) - 256GB.

Bonjour Gildas, oui effectivement ça me semble plus intéressant. (Je suis le Rémy qui veut la ptite formation aha). J'ai encore jamais lancé de ligne de commande sur un server distant donc je lis au fur et à mesure.
Mais le fait que le server R soit partager répond sans doute à mon problème de CPU.
Oui c'est une jolie machine mais mine de rien c'est jamais assez aha
Merci pour ton aide

Je vais tacher de faire un bout de documentation pour aider le passage de RStudio à R CLI.
J'aimerais finir quelque chose avant mais je fais ça dans la foulée.

Si j'oublie, relancez-moi

Merci beaucoup !

Bonjour Gildas,
Les collègues de Toulouse ont compilé un tuto :
http://bioinfo.genotoul.fr/wp-content/uploads/tutoR_cluster.pdf

Donc j'ai déjà ça au final.
Peut être pas la peine de te presser du coup. Par contre je pense que ce serait bien d'intégrer ça dans la parties tuto du site.

Merci !

Bonjour @rvillette,

J'ai enfin trouvé un peu de temps pour faire de la doc :
R -> Migrate from RStudio 2 R / Rscript

Dis-moi si ça t'es utile ou non :slight_smile:

Bonne chance

Super ! Merci bcp !
Ca va m'aider et sans doute d'autres nouveaux utilisateurs.
Bonne journée !