rnaSPAdes - accès aux contigs

Hello,

j'utilise rnaSPAdes sous Galaxy pour générer des transcriptomes de novo. Cet outil assemble d'abord des contigs qu’il stock dans le fichier « before_rr.fa » avant de procéder à un scaffolding dans une étape intitulée « repeat resolution » (rr) . En fin il crée 3 fichiers finaux « transcripts », « soft_filtered_transcripts» et « hard_filtered_transcripts », à partir des scaffolds issus de l’étape « rr ».

Dans mon cas, le scaffolding a tendance fusionner des gènes (chez les espèces proches le génome est très compacte), j’aurais donc voulu avoir accès au fichier « before_rr.fa ». Quand on utilise rnaSPAdes en ligne de commande, on y a accès dans l’arborescence générée par l’outil mais l’implémentation actuelle sous Galaxy ne permet pas de faire afficher ce ficher dans l’historique. Je pense pourtant qu’il est quelque part sur les serveurs cacher dernière l’interface Galaxy.

Existes-il un moyen d’y accéder ? Vous serez-t-il possible de l’ajouter aux « output file(s) » ?

De plus, il y a une option « Disable repeat resolution (--disable-rr) » que Galaxy propose, mais comme cette option enlève l’étape de scaffolding, les 3 fichiers transcripts qui apparaissent dans l’historique sont vides alors même que le run c’est bien passé.

Merci d’avance,

Olivier

Bonjour Olivier,

Existes-il un moyen d’y accéder ? Vous serez-t-il possible de l’ajouter aux « output file(s) » ?

Ce n'est pas possible après coup, les fichiers qui ne sont pas conservés dans l'historique sont supprimés. Si ce fichier est nécessaire, il faudrait effectivement l'ajouter aux "outputs" dans la description du wrapper galaxy (ici pour info : tools-iuc/rnaspades.xml at master · galaxyproject/tools-iuc · GitHub)

Les solutions sont donc les suivantes :

  • utiliser rnaspades en ligne de commande
  • ouvrir une issue sur le repository github du wrapper afin de demander cette modification dans le wrapper galaxy (Issues · galaxyproject/tools-iuc · GitHub). C'est pour une formation sur galaxy ?

a+
Loraine