# Samtools view: couldn't allocate memory for bam\_mem

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/samtools-view-couldnt-allocate-memory-for-bam-mem/850>\
**Category:** Galaxy\
**Created:** [Décembre 3, 2020, 2:55 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/samtools-view-couldnt-allocate-memory-for-bam-mem/850 "2020-12-03T14:55:07Z")\
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**Author:** ![MVarret](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/m/f6c823/32.png) [@MVarret](https://community.france-bioinformatique.fr/u/MVarret)\
**Post date:** [Décembre 3, 2020, 2:55 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/samtools-view-couldnt-allocate-memory-for-bam-mem/850/1 "2020-12-03T14:55:07Z")

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Bonjour,

j'ai mon étape de "samtools view" qui retourne comme erreur : "couldn't allocate memory for bam\_mem".  
Du coup, serait-il possible d'allouer plus de ressources pour cette étape, s'il vous plaît ?

Merci beaucoup et bonne journée

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**Author:** ![julien](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/julien/32/1433_2.png) [@julien](https://community.france-bioinformatique.fr/u/julien)\
**Post date:** [Décembre 4, 2020, 11:26 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/samtools-view-couldnt-allocate-memory-for-bam-mem/850/2 "2020-12-04T11:26:23Z")

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Bonjour,

Pouvez-vous nous indiquer la commande que vous utilisez pour réaliser cette étape ?

Julien

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**Author:** ![MVarret](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/m/f6c823/32.png) [@MVarret](https://community.france-bioinformatique.fr/u/MVarret)\
**Post date:** [Décembre 4, 2020, 11:31 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/samtools-view-couldnt-allocate-memory-for-bam-mem/850/3 "2020-12-04T11:31:02Z")

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voici un screenshot

merci

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**Author:** ![dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/dbenaben/32/43_2.png) [@dbenaben](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dbenaben)\
**Post date:** [Mars 3, 2021, 5:11 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/samtools-view-couldnt-allocate-memory-for-bam-mem/850/4 "2021-03-03T17:11:22Z")

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Bonjour,

[@team.galaxy](https://community.france-bioinformatique.fr/groups/team.galaxy) As-ton pu augmenter les ressources pour `samtools_view` finalement ou p'têtre que le mécanise de re-soumission (avec plus de ressource) réponds au problème ?