Serveur RStudio: interruptions fréquentes

Anne Badel, responsable du cours de stat de DU-Bii ont signalé qu’il y avait des interruptions fréquentes de la connexion au serveur RStudio d’IFB-core-cluster, avec un message d’erreur 501.

Une question était de savoir si les erreurs provenaient de Paris-Diideroot ou de notre côté.
Je suis au Mexique et j’utilise le serveur. Il est vraiment super-pratique, mais j’ai également des erreurs 501. Il s’agit d’interruptions courtes (quelques secondes/minutes) mais pour la dynamique d’un cours pratique c’est perturbant.

Il faudrait évaluer si le problème est spécifique à ce serveur RStudio, ou s’il provient de micro-interruptions générales de l’accès à l’IDRIS.

Quelqu’un voit-il un moyen de tester cela?

Merci

Jacques

@jvanhelden Est-ce bien des erreurs 501 ? et non des 502 ?

Dans les logs je constate peu d’erreur 501 (en comparaison d’erreur 502):

[root@rstudio ~]# zgrep -Iin " 501 " /var/log/nginx/* | wc -l
13
[root@rstudio ~]# zgrep -Iin " 502 " /var/log/nginx/* | wc -l
26778

Julien avait déjà pointé un problème avec le “backend” à propos d’erreur type 502 causant des interruptions:

Généralement une 502 indique que nginx n’a pas eu de réponse du serveur rstudio. A voir si on peut lancer plus de process rstudio (genre handler web galaxy)

Je pense aussi que le problème vient du côté de rstudio (le backend) qui a du mal à traiter les requêtes.

Quelques réfs:

  • 502 Bad Gateway

    The 502 (Bad Gateway) status code indicates that the server, while
    acting as a gateway or proxy, received an invalid response from an
    inbound server it accessed while attempting to fulfill the request.

  • 501 Not Implemented

    The 501 (Not Implemented) status code indicates that the server does
    not support the functionality required to fulfill the request. This
    is the appropriate response when the server does not recognize the
    request method and is not capable of supporting it for any resource.

    A 501 response is cacheable by default; i.e., unless otherwise
    indicated by the method definition or explicit cache controls (see
    Section 4.2.2 of [RFC7234]).

Si on regarde les logs rstudio, on a pas mal d’erreur du type ci-dessous mais je pense pas que ce soit lié:

[root@rstudio ~]# journalctl -u rstudio-server.service 
[...]
Feb 17 23:09:03 rstudio rserver[49836]: CLIENT EXCEPTION (rsession-xxxxxxxx): (TypeError) : Cannot read property 'row' of undefined;|||org/rstudio/studio/client/workbench/views/source/editors/text/r/SignatureToo

Désolé pour la confusion, il s’agit effectivement d’une erreur 502.
Si le problème provient du serveur RStudio, serait-il possible de le régler ?

On a besoin de ce serveur pour les cours du DU en bioinformatique intégrative demain et toute la semaine prochaine.

Merci

Jacques

Bonjour Jacques,

On essaie de comprendre d’où vient l’erreur précisément. On l’a pas bien identifié pour l’instant.

Est-ce que vous avez un cas pour que l’on puisse reproduire le problème (je ne suis pas familier avec RStudio) ? Ou est-ce complètement aléatoire ?

Pas très clair pour moi.

La semaine passée les erreurs 502 surgissaient “de temps en temps” sans raison évidente.
Aujourd’hui je n’arrive pas à me connecter au site

https://rstudio.cluster.france-bioinformatique.fr/

# An error occurred.

Sorry, the page you are looking for is currently unavailable.
Please try again later.

If you are the system administrator of this resource then you should check the error log for details.

*Faithfully yours, nginx.*

Je suis actuellement dans la salle de TP de Paris-Diderot.
Voici mon IP

194.254.61.41

Bonjour Jacques,
Nous avons relancé le service. Ça fonctionne à nouveau. On regarde ce qui cloche.
Désolé pour ces désagréments

En parallèle, nous allons changer rapidement la conf du serveur web pour voir si ça règle les 502.

@jvanhelden
La nouvelle conf du serveur web a été déployer.
Tiens-nous au courant si ça a améliorer les choses.

OK, super.

Je vais le tester ce soir (en prépa du TP de demain de 14h30 à 17h30) et si ça tourne le signalera aux apprenants DU-Bii que vous avez reconfiguré, en leur demandant de nous signaler s’ils voient réapparaître des erreurs 502.

@jvanhelden As-tu eu des retours positifs ou négatifs ?

Le TP a tourné comme sur des roulettes, on avait même oublié l’existence de cette fameuse erreur 502 qui avait empoisonné tout le monde 2 jours plus tôt.

Merci pour votre intervention efficace !

Jacques

Super nouvelle ! Nous sommes content que le TP est tourné sans encombre.

Excellent nouvelle et merci @dbenaben pour la conf

Oui, merci a @dbenaben.

Y a-t-il moyen de clôturer une discussion quand la solution a été apportée ? Ou alors c’est une fonctionnalité qui n’a pas de place ici car on n’est pas dans un système de ticket ?

On ne cloture pas vraiment.
Le principe, c’est que si quelqu’un a un problème ou demande similaire, il peut trouver la réponse par lui-même. Ca a peut-être moins d’intérêt pour une demande d’outil mais un jour… nous verrons d’autres discussions apparaître.

Par contre, il y a une case coché qui apparaît quand on a marqué un message comme résolu.
Tu peux aussi le voir sur le premier sujet posté.

Merci pour les fleurs, m’enfin, faut aussi et surtout remercier GIldas :bouquet: et Julien :bouquet:
:slight_smile: