Snakemake last version

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
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Bonjour,
Serait possible d'installer la dernière version de snakemake ? la version dispo par le module load snakemake est assez ancienne : 5.7.4
il suffit de faire
module load python/3.7
sudo python3 -m pip install snakemake
Merci!!

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Bonjour,

L'installation est en cours ici:

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Bonjour,
j'ai une erreur avec la nouvelle version de snakemake (et pas avec la 5.7.4) et drmaa:

Exception in thread Thread-1:
Traceback (most recent call last):
  File "/shared/mfs/data/software/miniconda/envs/snakemake-5.19.2/lib/python3.8/threading.py", line 932, in _bootstrap_inner
    self.run()
  File "/shared/mfs/data/software/miniconda/envs/snakemake-5.19.2/lib/python3.8/threading.py", line 870, in run
    self._target(*self._args, **self._kwargs)
  File "/shared/mfs/data/software/miniconda/envs/snakemake-5.19.2/lib/python3.8/site-packages/snakemake/executors/__init__.py", line 1278, in _wait_for_jobs
    import drmaa
ModuleNotFoundError: No module named 'drmaa'
WorkflowError:
Python support for DRMAA is not installed. Please install it, e.g. with easy_install3 --user drmaa
  File "/shared/mfs/data/software/miniconda/envs/snakemake-5.19.2/lib/python3.8/site-packages/snakemake/executors/__init__.py", line 1199, in __init__

Merci de votre aide.
Magali

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On peux peut-être rajouter Drmaa sur le cluster:
https://anaconda.org/conda-forge/drmaa

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Bonjour,

L'ajout de Drmaa à l'env Snakemake est en cours:

Je me demande si ça vaudrait pas le coup de mettre Drmaa dans un autre module ...

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Ça fonctionne à présent.
Merci beaucoup!