Srun : error : CPU binding outside of job step allocation, allocated CPUs are: 0x08000000

Bonjour,

Depuis hier, je n'arrive plus à lancer un script sbatch. Une fois lancer, le fichier d'erreur indique :
srun: error: CPU binding outside of job step allocation, allocated CPUs are: 0x08000000.
srun: error: Task launch for StepId=37663745.39 failed on node cpu-node-76: Unable to satisfy cpu bind request
srun: error: Application launch failed: Unable to satisfy cpu bind request
srun: Job step aborted

Je ne sais pas d'où peut venir ce problème ? Si c'est lié à mon espace projet ?

En vous remerciant par avance pour votre aide,

Claire

Bonjour,

Avez-vous toujours le problème (il peut y avoir des anomalies sur certains noeuds épisodiquement) ?
Pouvez-vous nous indiquer le chemin de votre script pour que l'on y jette un œil ?
La dernière fois que le script a fonctionné, c'était avant ou après la coupure du 5 février ?

Bonjour,

Oui j'ai toujours le même problème aujourd'hui et la dernière fois que le script fonctionnait c'était avant les travaux.
Le chemin du script est : /shared/projects/sea2sea_rnaseq_bars/j0_vharveyi/trimmed.sh

Merci

J'ai aussi ce problème ... depuis plusieurs jours ... et je cherche d'où cela peut venir.

Merci d'avance pour votre aide

Florencde

Le problème perdure également de mon côté

Clebihan

Bonjour,

Désolé pour ce retour tardif.

Je n'arrive pas à reproduire le problème, mais je soupçonne que c'est lié au srun dans le script lancé par sbatch.

@clebihan pouvez-vous re-essayer ce même script sans le "srun" (juste sickle <...>) ?
@fdelort avez-vous également un srun dans votre script ? Si c'est le cas, pouvez-vous essayer sans ?

Ca fonctionne en effet en supprimant les srun ...

Merci

Idem pour moi, ça fonctionne sans le srun