@team.software @team.r @team.bank Demande d'installation d'Helixer

Bonjour, est-il possible d'installer Helixer, un outil pour l'annotation structurale de génomes eucaryotes.
Pour info, on peut le trouver ici : GitHub - weberlab-hhu/Helixer: Using Deep Learning to predict gene annotations
Merci!
Nadia

Bonjour Nadia,

Demande d'installation en cours: add helixer (apptainer/docker) (!1442) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab

On revient vers toi quand c'est disponible.

Bonne journée

Merci beaucoup!!
Bonne journée aussi :slight_smile:

C'est installé. Comme d'habitude, pour l'utiliser:

module load helixer/0.3.3

@nponts Helixer tourne sur GPU.
Je t'ai donc autorisé à accéder au GPU pour le projet tricinctum (il faut en faire la demande sinon).
Et bien-sûr lancer les jobs en demandant explicitement des GPU (documentation: https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/slurm/slurm_GPU).
Il est aussi souhaitable de bien vérifier que son job utilise le GPU (Troubleshooting - IFB Core Cluster Documentation).

Quelle. efficacité!
Merci beaucoup! Je n'ai pas l'habitude des GPUs sur le cluster, je vais bien lire la doc avant de me lancer...