# Update eggnog-mapper

**URL:** <https://community.france-bioinformatique.fr/t/update-eggnog-mapper/3692>\
**Category:** Tool or data bank request\
**Created:** [Décembre 5, 2023, 1:57 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/update-eggnog-mapper/3692 "2023-12-05T13:57:54Z")\
**Posts on this page:** 6\
**Page:** 1

<div class="post-metadata">

**Author:** ![emendes](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/e/ce7236/32.png) [@emendes](https://community.france-bioinformatique.fr/u/emendes)\
**Post date:** [Décembre 5, 2023, 1:57 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/update-eggnog-mapper/3692/1 "2023-12-05T13:57:55Z")

</div>

Bonjour,

Pouvez-vous mettre à jour eggnog-mapper svp ?

> **[Release Release v2.1.12 · eggnogdb/eggnog-mapper](https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/releases/tag/2.1.12)**
>
> Updated novel families DB version and added novel families .pkl DB for annotation, which can be downloaded from http://eggnog6.embl.de/download/novel\_fams-1.0.1 or using download\_eggnog\_data.py -D ...

merci

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<div class="post-metadata">

**Author:** ![arthurlebars](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/arthurlebars/32/1661_2.png) [@arthurlebars](https://community.france-bioinformatique.fr/u/arthurlebars)\
**Post date:** [Décembre 15, 2023, 9:45 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/update-eggnog-mapper/3692/2 "2023-12-15T09:45:16Z")

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Bonjour @emendes,

La version 2.1.12 d'eggnog-mapper est maintenant disponible avec `module load eggnog-mapper/2.1.12`

Bonnes analyses 🙂

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<div class="post-metadata">

**Author:** ![emendes](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/e/ce7236/32.png) [@emendes](https://community.france-bioinformatique.fr/u/emendes)\
**Post date:** [Décembre 15, 2023, 10:52 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/update-eggnog-mapper/3692/3 "2023-12-15T10:52:57Z")

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Merci.

Avez-vous téléchargé la DB novel\_fams ? j'ai cette erreur:

e[31mDIAMOND database /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/eggnog-mapper-2.1.12/lib/python3.12/site-packages/data/novel\_fams.dmnd not present. Use download\_eggnog\_database.py to fetch ite[0m

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<div class="post-metadata">

**Author:** ![emendes](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/e/ce7236/32.png) [@emendes](https://community.france-bioinformatique.fr/u/emendes)\
**Post date:** [Janvier 11, 2024, 4:45 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/update-eggnog-mapper/3692/4 "2024-01-11T16:45:00Z")

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Bonjour,

Petite relance concernant la mise à jour de la DB ( novel\_fams )

Merci d'avance,

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<div class="post-metadata">

**Author:** ![Victoria\_Mesa](https://community.france-bioinformatique.fr/user_avatar/community.france-bioinformatique.fr/victoria_mesa/32/1771_2.png) [@Victoria\_Mesa](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Victoria_Mesa)\
**Post date:** [Avril 25, 2025, 8:30 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/update-eggnog-mapper/3692/5 "2025-04-25T08:30:15Z")

</div>

Bonjour,

J'obtiens également cette erreur lorsque j'essaie de télécharger les bases de données:

```auto
Traceback (most recent call last):
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/eggnog-mapper-2.1.12/bin/download_eggnog_data.py", line 349, in <module>
    download_hmm_database(args.hmmer_dbs, dbname, dbspath)
  File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/eggnog-mapper-2.1.12/bin/download_eggnog_data.py", line 125, in download_hmm_database
    os.makedirs(dbpath)
  File "<frozen os>", line 215, in makedirs
  File "<frozen os>", line 215, in makedirs
  File "<frozen os>", line 225, in makedirs
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/eggnog-mapper-2.1.12/lib/python3.12/site-packages/data'

```

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<div class="post-metadata">

**Author:** ![tguinoiseau](https://community.france-bioinformatique.fr/letter_avatar_proxy/v4/letter/t/ea5d25/32.png) [@tguinoiseau](https://community.france-bioinformatique.fr/u/tguinoiseau)\
**Post date:** [Juin 16, 2025, 9:19 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/update-eggnog-mapper/3692/6 "2025-06-16T09:19:06Z")

</div>

Bonjour,  
J'ai le même problème avec la database DIAMOND.  
Y a t-il une solution?  
Merci d'avance