Bonjour, après avoir réalisé un filtre manuel (sous Excel) pour éliminer des ions, j'ai une erreur qui apparait avec ces 3 modules :
Je ne comprends pas d'où vient l'erreur, même si cela vient probablement de ma dernière dataMatrix, car en utilisant les matrices issues de l'étape précédente je n'ai pas d'erreur.
Pour info j'ai vérifié le sens de ma matrice, le format du fichier, les cases potentiellement vides ou non numériques ...
Avez-vous une idée, des suggestions ?
Merci,
Céline
Salut Céline,
Ça ressemble pas mal à un cas de case non numérique ou de problème dans les colonnes de sampleType.
Pour les cases non-numériques, ça peut être parfois très traître surtout quand il y a eu une étape par Excel ou équivalent. Sachant que tu connais un peu le logiciel R, un test simple pour être sûr de n'avoir rien loupé peut être d'importer dans R ta dataMatrix et de vérifier le format de toutes tes colonnes : d'expérience, ça m'est déjà arrivé d'avoir checké hors R le contenu et d'être passée à côté de caractères qui n'apparaissaient pas dans Excel par exemple et pourtant étaient là (c'est un exemple).
Idem pour la sampleMetadata, ça peut arriver qu'au niveau du sampleType il est des loupés "invisibles" : ça peut être checké dans R aussi.
Une autre chose qui peut arriver aussi : des problèmes dans les noms de colonnes de metadata, qui par hasard ne poserait pas problème pour importer les fichiers mais n'aurait pas permis un import pour autant correct des tables. C'est assez improbable mais on peut l'imagner. Là encore, pour un utilisateur de R, chercher à importer simplement la table dans R et vérifier que ça importe les tables comme il faut peut être une bonne piste.
As-tu fait le test ?
Mélanie
Salut, je viens de tester.
Le problème ne doit pas venir de la sampleMetadata car je l'ai utilisé avec succès pour un batch correction. Donc ça ne laisse que la dataMatrix.
Je viens d'ouvrir la dataMatrix avec R. On est d'accord que si mes colonnes sont noté "num", il n'y a pas de caractères bizarres ou lettres ?
En tout cas te prends pas trop la tête dessus, j'ai fait mon batch correction et qualityMetrics à partir de la dataMatrix que je n'avais pas filtré sous Excel 
Céline
Salut, j'ai trouvé 
En fouillant un peux plus, j'ai des valeurs noté en xxE+xx, c'est ça qui pose problème.
Merci
Céline
