Bonjour,
Depuis quelques jours j'ai des problèmes de production de figure avec Rstudio. Je reçois un message d'erreur libpng writing erreur. L'erreur me force à redémarrer R à chaque fois.
(C'est un code que j'ai déjà fait tourné sans difficulté il y a quelques semaines donc le problème est tout récent)
Information importante: je suis sur mac.
Merci par avance pour votre aide!
Bonjour,
Votre espace /home est plein (126.9 Go utilisé pour un quota de 100Go). Ce qui pourrait expliquer les erreurs de type writing error.
Vous pouvez voir l'espace utilisé via status_bars ou lfs quota -h -p 161033 /shared/home/llaplane:
Filesystem used quota limit grace files quota limit grace
/shared/home/llaplane
126.9G* 100G 150G none 72507 100000 150000 -
Je vous invite donc à faire un peu de ménage ou déplacer les données dans vos espaces projets.
Bonne journée
Merci beaucoup pour la réponse!
Je suis désolée, dès qu'il faut sortir de Rstudio je suis perdue.
J'ai compris que je pouvais changer mon compte par défaut en me connectant via le terminal.
Quand je fais ça je vois:
mouse_mk_rnaseq [#######-------------] 91 / 250 GB
scrnaseq_cytokines [--------------------] 0 / 250 GB
Update: 2023-11-08 16:00 - Your current default account is scrnaseq_cytokines - More info: status_bars --help
Là je ne comprend pas bien. Où sont les 126G? Pourquoi ils ne sont pas dans mon projet par défaut? Comment je fais pour déplacer mes données dans mon espace projet? Et si je fais ça, est-ce que je pourrais toujours y accéder depuis le Rstudio dans Jupyterhub?
Merci pour votre aide (et pardon pour l'ignorance)
Pardon, il est vrai que status_bars (l'écran à la connexion) ne permets pas encore d'avoir la taille du dossier /home, mais seulement de vos espaces projets.
Et c'est bien votre dossier /shared/home/llaplane (votre home directory) qui occupe 126Go/100Go.
Pour avoir la taille des dossier, vous pouvez utiliser la commande du. Par exemple:
du -h --max-depth=1 ~/
Le "home directory" n'est pas destiné à héberger des données.
Ce sont les espaces "projets" qui sont prévus pour ça.
Comment je fais pour déplacer mes données dans mon espace projet?
Via une interface graphique, vous pouvez simplement déplacer le dossier.
Ou en ligne de commande, via mv (ou cp puis rm).
Mais pour des gros dossiers (pls dizaines de Go), je recommande plutôt de copier les données via un outil qui permets le reprise sur erreur (type rsync).
Quelques billes ici: Handle your data - IFB Core Cluster Documentation
Et si je fais ça, est-ce que je pourrais toujours y accéder depuis le Rstudio dans Jupyterhub?
Bien sûr !
Dites-nous si vous avez besoin de plus d'infos.
Merci, je crois que je commence à connecter les éléments les uns avec les autres. Mais ça reste assez obscure.
J'ai utilisé FileZilla pour charger mes données (en suivant votre tutoriel). C'est sans doute là que je ne les ai pas mise au bon endroit? Mais je ne suis pas certaine de savoir comment aller au bon endroit et surtout, je vois comment transférer de mon ordi au cluster, mais je ne comprends pas comment je pourrais faire pour les déplacer d'un endroit du cluster à une autre?
Merci
J'ai utilisé FileZilla pour charger mes données (en suivant votre tutoriel). C'est sans doute là que je ne les ai pas mise au bon endroit?
En effet, je pense aussi.
Dans la partie droite, de FileZilla vous pouvez changer de dossier (par défaut vous êtes dans votre "home", il faut donc aller chercher le dossier /shared/projects/mouse_mk_rnaseq (par exemple)
Une fois dans le bon dossier, vous pouvez transférer de votre poste au cluster.
comment je pourrais faire pour les déplacer d'un endroit du cluster à une autre?
Pour déplacer un dossier, le plus simple/direct me semble de passer par la ligne de commande (d'ici peu on aura d'autres outils accessible en ligne).
Par exemple pour déplacer le dossier de scRNAseq_BM_CMML de votre home au projet mouse_mk_rnaseq, vous pouvez faire:
mv /shared/home/llaplane/scRNAseq_BM_CMML /shared/projects/mouse_mk_rnaseq/
Note: Le déplacement de données peut parfois prendre du temps
Ou
rsync -av /shared/home/llaplane/scRNAseq_BM_CMML /shared/projects/mouse_mk_rnaseq/
# puis si tous c'est bien passé
# Attention à la suprresion (vérifier 15 fois avant de valider) !!
rm -rf /shared/home/llaplane/scRNAseq_BM_CMML
Merci beaucoup