# \#python **URL:** https://community.france-bioinformatique.fr/tag/python/7.md [Récents](https://community.france-bioinformatique.fr/latest.md) · [Catégories](https://community.france-bioinformatique.fr/categories.md) · [Étiquettes](https://community.france-bioinformatique.fr/tags.md) --- ## [Sudo installation pour Conda](https://community.france-bioinformatique.fr/t/sudo-installation-pour-conda/6332)
**Author:** [@zzhou2023](https://community.france-bioinformatique.fr/u/zzhou2023)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Avril 24, 2025, 2:05 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/sudo-installation-pour-conda/6332 "2025-04-24T14:05:26Z")
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-toolchain-r/test sudo apt update sudo apt install libstdc++6 Bonjour, pour certaines pipelines, je suis obligé de faire un upgrade sur certaines, à votre avis, je peux les installer … --- ## [Usual Jupyter kernels not available](https://community.france-bioinformatique.fr/t/usual-jupyter-kernels-not-available/6127)
**Author:** [@Manolo](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Manolo)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Février 25, 2025, 2:32 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/usual-jupyter-kernels-not-available/6127 "2025-02-25T14:32:54Z")
Hello, I am unable to connect to the usual Python kernels I use for Jupyter notebook in JupyterLab sessions. Usually, I can choose between several Python3 kernels (Python3.12, 3.9, etc) which all have a lot of python l… --- ## [Installation de module depuis github](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-de-module-depuis-github/5677)
**Author:** [@gbeinse](https://community.france-bioinformatique.fr/u/gbeinse)\ **Réponses:** 4\ **Dernière mise à jour :** [Février 21, 2025, 4:08 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-de-module-depuis-github/5677 "2025-02-21T16:08:00Z")
Bonjour Nous souhaiterions utiliser les outils publiés sur cette référence Redirecting, Notamment la suite FrEIA, disponible sur le github suivant : GitHub - mouliere-lab/FrEIA: Fragment End Integrated Analysis tool E… --- ## [Problème avec Nexflow et Conda](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-nexflow-et-conda/3908)
**Author:** [@cvroland](https://community.france-bioinformatique.fr/u/cvroland)\ **Réponses:** 3\ **Dernière mise à jour :** [Janvier 31, 2025, 3:29 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/probleme-avec-nexflow-et-conda/3908 "2025-01-31T15:29:55Z")
Bonjour, je souhaite lancer un pipeline Nextflow sur l'IFB, cependant il semblerait y avoir un conflit avec conda. En effet, le mauvais python est exécuté. Quand on lance une session sur l'IFB voici le python exécuté /s… --- ## [Augmentation de l'esapce de stockage projet sia\_erythrocytes\_ds](https://community.france-bioinformatique.fr/t/augmentation-de-lesapce-de-stockage-projet-sia-erythrocytes-ds/5940)
**Author:** [@esleiman](https://community.france-bioinformatique.fr/u/esleiman)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Janvier 8, 2025, 5:44 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/augmentation-de-lesapce-de-stockage-projet-sia-erythrocytes-ds/5940 "2025-01-08T17:44:18Z")
Bonjour à tous, Je rencontre des difficultés à lancer mes analyses du fait d'un espace de stockage insuffisant avec une erreur récurrente 'Disk quota exceed' et cela dès lors de l'installation de dépendances dans un pyt… --- ## [Libstdc++.so.6: version \`GLIBCXX\_3.4.29' not found pandas python3.12](https://community.france-bioinformatique.fr/t/libstdc-so-6-version-glibcxx-3-4-29-not-found-pandas-python3-12/5617)
**Author:** [@julieOrjuela](https://community.france-bioinformatique.fr/u/julieOrjuela)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Novembre 28, 2024, 11:29 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/libstdc-so-6-version-glibcxx-3-4-29-not-found-pandas-python3-12/5617 "2024-11-28T11:29:06Z")
Hello la team :sweat\_smile:!! J'ai un problème avec le chargement des pandas :panda\_face:sur la version 3.12 de python :snake:sur le cluster ... module load python/3.12 python3 --version Python 3.12.4 à priori une li… --- ## [Calculer vrai Mémoire utilisé pour un job complété, ou "killed"](https://community.france-bioinformatique.fr/t/calculer-vrai-memoire-utilise-pour-un-job-complete-ou-killed/5563)
**Author:** [@maria\_myologie](https://community.france-bioinformatique.fr/u/maria_myologie)\ **Réponses:** 4\ **Dernière mise à jour :** [Novembre 20, 2024, 12:21 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/calculer-vrai-memoire-utilise-pour-un-job-complete-ou-killed/5563 "2024-11-20T12:21:32Z")
Bonjour, J'aimerais améliorer ma performance concernant la mémoire utilisé pour les jobs, laquelle comme vous verrez ci-dessous n'est pas au top ! :-/ :rofl: SLURM Job Efficiency: Time \[--------------------… --- ## [Librairie pyfastx installée mais retourne ModuleNorFoundError depuis un environnement conda privé](https://community.france-bioinformatique.fr/t/librairie-pyfastx-installee-mais-retourne-modulenorfounderror-depuis-un-environnement-conda-prive/5479)
**Author:** [@fbernard](https://community.france-bioinformatique.fr/u/fbernard)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Octobre 24, 2024, 7:47 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/librairie-pyfastx-installee-mais-retourne-modulenorfounderror-depuis-un-environnement-conda-prive/5479 "2024-10-24T07:47:40Z")
Bonjour, j'utilise un pipeline snakemake que je lance à partir d'un environnement conda privé (dd\_ont\_pipeline), ce qui fonctionne sans aucun soucis. Je rencontre néanmoins un problème concernant une librairie python b… --- ## [Module pyscenic en echec (?)](https://community.france-bioinformatique.fr/t/module-pyscenic-en-echec/5234)
**Author:** [@Claire](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Claire)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Août 22, 2024, 8:40 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/module-pyscenic-en-echec/5234 "2024-08-22T08:40:36Z")
Bonjour, Je ne parviens pas à faire tourner mon script pour pyscenic du fait apparemment d un souci de compatibilite avec un package python (?). Ci dessous la sortie d erreur lorsque je fais tourner mon script: sbatch… --- ## [Installation python\>=3.10 et tensorflow-gpu=2.15](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-python-3-10-et-tensorflow-gpu-2-15/3958)
**Author:** [@lmoulinier](https://community.france-bioinformatique.fr/u/lmoulinier)\ **Réponses:** 5\ **Dernière mise à jour :** [Juin 27, 2024, 11:21 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-python-3-10-et-tensorflow-gpu-2-15/3958 "2024-06-27T11:21:48Z")
Bonjour, J'essaye d'installer un environnement conda avec python\>=3.10 et tensorflow-gpu=2.15 pour entraîner une IA. J'ai lancé les commandes : conda create -n dl conda install 'python\>=3.10' tensorflow-gpu -c conda-f… --- ## [Possibilité d'installer rpy2 pour jupyter-lab?](https://community.france-bioinformatique.fr/t/possibilite-dinstaller-rpy2-pour-jupyter-lab/4319)
**Author:** [@Gael\_Gautier](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Gael_Gautier)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Mai 17, 2024, 9:16 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/possibilite-dinstaller-rpy2-pour-jupyter-lab/4319 "2024-05-17T09:16:18Z")
Bonjour, Dans le cadre d'analyse génétique j'ai besoins d'utiliser dans un même notebook bash, plink et R. Pour R j'ai l'habitude d'utiliser rpy2 mais ce dernier n'est pas disponible. Serait-il possible de l'installer ? … --- ## [Insatllation de umap python/3.7](https://community.france-bioinformatique.fr/t/insatllation-de-umap-python-3-7/4278)
**Author:** [@rvicens](https://community.france-bioinformatique.fr/u/rvicens)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Mai 6, 2024, 8:51 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/insatllation-de-umap-python-3-7/4278 "2024-05-06T08:51:00Z")
Bonjour, Dans le cadre du projet musa\_deep\_mosaic\_ j'aimerais utiliser la librairie Umap dans le module python/3.7 (en utilisation gpu), est-il possible de l'installer ? Voici la page du package : https://umap-learn.… --- ## [Visualisation de réseaux sur Jupyter notebook avec plot\_model](https://community.france-bioinformatique.fr/t/visualisation-de-reseaux-sur-jupyter-notebook-avec-plot-model/4287)
**Author:** [@david\_cros\_cirad](https://community.france-bioinformatique.fr/u/david_cros_cirad)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Mai 5, 2024, 2:25 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/visualisation-de-reseaux-sur-jupyter-notebook-avec-plot-model/4287 "2024-05-05T14:25:45Z")
Bonjour, Je cherche à visualiser des réseaux de neurones avec plot\_model de keras.utils. J'y arrive hors de jupyter notebook, en faisant par exemple dans mobaxterm : module load python-pytorch-tensorflow/3.9-1.11.0-2.6… --- ## [Commande slurm indisponibles et problème avec la librairie joblib de python](https://community.france-bioinformatique.fr/t/commande-slurm-indisponibles-et-probleme-avec-la-librairie-joblib-de-python/4025)
**Author:** [@Manolo](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Manolo)\ **Réponses:** 9\ **Dernière mise à jour :** [Avril 9, 2024, 9:55 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/commande-slurm-indisponibles-et-probleme-avec-la-librairie-joblib-de-python/4025 "2024-04-09T09:55:47Z")
Bonjour, Il semblerait qu'il y ait un problème avec slurm en ce moment. Lorsque je tape des commandes simples comme squeue, sinfo, ou sbatch, j'obtiens comme erreur : slurm\_load\_jobs error: Socket timed out on send/rec… --- ## [Utiliser un venv dans jupyter notebook](https://community.france-bioinformatique.fr/t/utiliser-un-venv-dans-jupyter-notebook/3869)
**Author:** [@jraynal](https://community.france-bioinformatique.fr/u/jraynal)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Février 7, 2024, 2:52 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/utiliser-un-venv-dans-jupyter-notebook/3869 "2024-02-07T14:52:47Z")
Bonjour, J'essaye d'utiliser un venv créé de la façon suivante dans jupyter notebook: python3 -m venv .venv source .venv/bin/activate pip install --upgrade pip pip install jupyterlab ipykernel python -m ipykernel i… --- ## [/usr/bin/xauth: error in locking authority file](https://community.france-bioinformatique.fr/t/usr-bin-xauth-error-in-locking-authority-file/3772)
**Author:** [@dinaton](https://community.france-bioinformatique.fr/u/dinaton)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Janvier 16, 2024, 5:01 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/usr-bin-xauth-error-in-locking-authority-file/3772 "2024-01-16T17:01:25Z")
Quand je me connecte via le ssh, j'ai cette erreur : /usr/bin/xauth: error in locking authority file /shared/home/dinaton/.Xauthority Ensuite, quand je veux lancer un script (ici un script python), ca ne marche pas ! … --- ## [Starting JupyterHub Spawn Failed: Timeout](https://community.france-bioinformatique.fr/t/starting-jupyterhub-spawn-failed-timeout/3194)
**Author:** [@Guillaume\_Lan-Fong](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Guillaume_Lan-Fong)\ **Réponses:** 8\ **Dernière mise à jour :** [Janvier 12, 2024, 9:05 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/starting-jupyterhub-spawn-failed-timeout/3194 "2024-01-12T09:05:04Z")
Bonjour, J'essaie sans succès (attente de quelques minutes suivi d'une volée de "Pending..." et un "Spawn Failed: Timeout" à la fin) de me connecter à la partition GPU via JupyterHub afin de pouvoir faire des tests inte… --- ## [Demande installation ReLERNN et accès noeud GPU](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-installation-relernn-et-acces-noeud-gpu/3586)
**Author:** [@msalson](https://community.france-bioinformatique.fr/u/msalson)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Novembre 7, 2023, 9:18 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-installation-relernn-et-acces-noeud-gpu/3586 "2023-11-07T09:18:56Z")
Bonjour, Serait-il possible d'installer l'outil ReLERNN (GitHub - kr-colab/ReLERNN: Recombination Landscape Estimation using Recurrent Neural Networks) qui nécessite un noeud GPU ? J'aimerais également demander l'accès… --- ## [Install rMATS\_turbo\_4.1 & dependecies](https://community.france-bioinformatique.fr/t/install-rmats-turbo-4-1-dependecies/951)
**Author:** [@maria\_myologie](https://community.france-bioinformatique.fr/u/maria_myologie)\ **Réponses:** 20\ **Dernière mise à jour :** [Octobre 23, 2023, 2:38 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/install-rmats-turbo-4-1-dependecies/951 "2023-10-23T14:38:16Z")
Dear IFB-team, I d like your help with a tool I am trying to install locally. https://rMATS-turbo . It's for alternative Splicing detection. I ran it by loading python/2.7, (only other option is 3.6). I also installe… --- ## [permGWAS et docker](https://community.france-bioinformatique.fr/t/permgwas-et-docker/3274)
**Author:** [@Marina\_Kafka](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Marina_Kafka)\ **Réponses:** 20\ **Dernière mise à jour :** [Octobre 19, 2023, 8:15 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/permgwas-et-docker/3274 "2023-10-19T08:15:48Z")
Hello, j'aimerais faire des analyses GWAS sur le cluster, avec cet outils en python : Je bloque sur la configuration du docker. Je ne suis pas familière avec ça. J'ai lu que ca devait être possible via la commande si… --- ## [Jupyter-lab - Entraînement CNN (YOLOv5) sur GPU + Error Starting Kernel - 504 Gateway Time-out](https://community.france-bioinformatique.fr/t/jupyter-lab-entrainement-cnn-yolov5-sur-gpu-error-starting-kernel-504-gateway-time-out/3227)
**Author:** [@Guillaume\_Lan-Fong](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Guillaume_Lan-Fong)\ **Réponses:** 2\ **Dernière mise à jour :** [Juin 30, 2023, 12:25 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/jupyter-lab-entrainement-cnn-yolov5-sur-gpu-error-starting-kernel-504-gateway-time-out/3227 "2023-06-30T12:25:34Z")
Bonjour, J’essaie actuellement d’entraîner un réseau de neurones convolutifs (pour un premier entraînement court, en environnement interactif via Jupyter-lab) sur la partition GPU mais me retrouve face à un problème do… --- ## [Installation of Stardist and Cellpose in own conda env](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-of-stardist-and-cellpose-in-own-conda-env/2968)
**Author:** [@mdallavecchia](https://community.france-bioinformatique.fr/u/mdallavecchia)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Mai 17, 2023, 8:49 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-of-stardist-and-cellpose-in-own-conda-env/2968 "2023-05-17T08:49:01Z")
Hello! I am a new user of the FBI cluster and together with my team we are organizing a git and python bioimage analysis training on the cluster infrastructure. I would like to create an exhausting conda environment th… --- ## [Demande d'installation de module python](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-module-python/2757)
**Author:** [@xlatypova](https://community.france-bioinformatique.fr/u/xlatypova)\ **Réponses:** 3\ **Dernière mise à jour :** [Février 28, 2023, 1:03 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/demande-dinstallation-de-module-python/2757 "2023-02-28T13:03:22Z")
Bonjour, Est-ce que vous pensez qu'il serait possible d'installer les modules methylprep et methylsuite : En vous remerciant par avance ! --- ## [Installation de ESMFold](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-de-esmfold/2761)
**Author:** [@kchennen](https://community.france-bioinformatique.fr/u/kchennen)\ **Réponses:** 3\ **Dernière mise à jour :** [Février 22, 2023, 10:09 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/installation-de-esmfold/2761 "2023-02-22T10:09:41Z")
Bonjour, Dans le cadre d'un projet de recherche sur l'analyse de l'impact des mutations, j'ai besoin d'une installation du programme ESMFold (le concurrent d'AlphaFold2). ESMFold, a besoin de beaucoup de GPU (\>30Go). Av… --- ## [Problem installing a git tool : libhts, libbzip2-dev missing](https://community.france-bioinformatique.fr/t/problem-installing-a-git-tool-libhts-libbzip2-dev-missing/1551)
**Author:** [@maria\_myologie](https://community.france-bioinformatique.fr/u/maria_myologie)\ **Réponses:** 8\ **Dernière mise à jour :** [Octobre 17, 2022, 9:51 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/problem-installing-a-git-tool-libhts-libbzip2-dev-missing/1551 "2022-10-17T09:51:46Z")
Hello, I need to test this tool : https://majiq.biociphers.org/ It asks to register by e-mail in order to see the installation page. Basically the instructions say : Before installation: $ export HTSLIB\_LIBRARY\_DI… --- ## [Scanpy dans R studio](https://community.france-bioinformatique.fr/t/scanpy-dans-r-studio/2453)
**Author:** [@igirault](https://community.france-bioinformatique.fr/u/igirault)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Octobre 13, 2022, 4:40 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/scanpy-dans-r-studio/2453 "2022-10-13T16:40:06Z")
Bonjour Je veux ouvrir des datasets .h5ad (python) avec R. J'ai fait plusieurs essais mais sans succès. -Essai1 : library(SeuratDisk) Convert("example\_dir/example\_ad.h5ad", ".h5seurat") # This creates a copy of this … --- ## [Erreur R avec fonction de Seurat requérant un package Python](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-r-avec-fonction-de-seurat-requerant-un-package-python/2364)
**Author:** [@ipourmir](https://community.france-bioinformatique.fr/u/ipourmir)\ **Réponses:** 0\ **Dernière mise à jour :** [Août 22, 2022, 10:19 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/erreur-r-avec-fonction-de-seurat-requerant-un-package-python/2364 "2022-08-22T10:19:45Z")
J'ai besoin d'exécuter la fonction RunUMAP de Seurat avec l'option umap.method= "umap-learn" qui demande un package Python "umap-learn". pbmc.big \<- RunUMAP(pbmc.big, dims = 1:30, verbose = FALSE,umap.method="umap-lear… --- ## [Gatk4 gcnvkernel Python environment setup](https://community.france-bioinformatique.fr/t/gatk4-gcnvkernel-python-environment-setup/2252)
**Author:** [@adonkpegan](https://community.france-bioinformatique.fr/u/adonkpegan)\ **Réponses:** 19\ **Dernière mise à jour :** [Juillet 20, 2022, 1:41 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/gatk4-gcnvkernel-python-environment-setup/2252 "2022-07-20T13:41:32Z")
Bonjour, Je souhaite utiliser la fonction DetermineGermlineContigPloidy de GATK4. Dans la doc il est précisé que The computation done by this tool, aside from input data parsing and validation, is performed outside of… --- ## [Install Python kernel in Jupyter notebook](https://community.france-bioinformatique.fr/t/install-python-kernel-in-jupyter-notebook/2199)
**Author:** [@Arianna\_Tonazzolli](https://community.france-bioinformatique.fr/u/Arianna_Tonazzolli)\ **Réponses:** 6\ **Dernière mise à jour :** [Juin 13, 2022, 6:58 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/install-python-kernel-in-jupyter-notebook/2199 "2022-06-13T06:58:46Z")
Hi all, I am using jupyter notebook on the cluster and I need to use Python 3.7. However, in jupyter notebook there is only kernel Python 3.9 available. I tried to install a new kernel following instructions (https://ww… --- ## [Python installation opencv](https://community.france-bioinformatique.fr/t/python-installation-opencv/2146)
**Author:** [@florian\_saby](https://community.france-bioinformatique.fr/u/florian_saby)\ **Réponses:** 1\ **Dernière mise à jour :** [Mai 20, 2022, 7:56 UTC](https://community.france-bioinformatique.fr/t/python-installation-opencv/2146 "2022-05-20T07:56:56Z")
Bonjour, j'ai charger les modules python 3,7 et 3,9 mais je ne peux pas lancer mon code car mon import cv2 ne fonctionne pas. Le paquet semble être absence, serait-il possible de l'installer? Bonne journée Florian [Page suivante](https://community.france-bioinformatique.fr/tag/python/7.md?match_all_tags=true&page=1&tags%5B%5D=python)