Bonjour,
J'aimerais avoir accès à la partition bigmem pour des analyses avec ANGSD, qui sont gourmandes en ram. Est-il possible d'y avoir accès ?
Merci d'avance,
Margaux Lefebvre
Bonjour Margaux,
Pouvez-vous au préalable tester en utilisant les capacité d'un noeud complet ?
Un noeud standard pouvant monter jusqu'à ~ 240G (à l'heure actuelle).
Je vous invite aussi à bien contrôler l'usage des ressources (que ca corresponde bien à votre souhait et que les ressources soient utilisées) en utilisant la commande seff <jobid>, une fois le job terminé.
En effet, je vois quelques "Out Of Memory" où la demande n'est que de 1Go RAM, ou d'autres jobs n'utilisant pas tous les CPU.
Dites-moi, on vous donnera l'accès en suivant.
Bonjour,
J'ai aussi une analyse phylogenique avec iqtree et je l'ai lancé avec --mem 240G comme vous l'avez conseillé.
j'ai eu cette erreur: ERROR: Not enough memory, allocation of 503901988480 bytes failed (bad_alloc)
Si j'ai bien compris, il me manque de la mémoire. C'est bien ça ?
En effet, si on en crois l'erreur (le job échoue mais il n'y a pas de "out of memory").
Je viens de vous donner accès à la partition bigmem pour le projet plasmomics.
Pensez à bien vérifier l'usage des ressources (avec seff notamment)
Je vous invite aussi à faire du ménage dans le dossier /shared/projects/plasmomics/ (il y a la racine plus de 834000 fichiers), soit en supprimant, soit en triant (dans des dossiers). Il vaut mieux éviter d'avoir un dossier de centaines de milliers de fichiers et privilégier plusieurs dossiers avec quelques milliers de fichiers dedans.
Bonne soirée